理论上来说js标签放在html文档的任何位置都可以，规范起见，推荐放到body结束标签的末尾，包含到body标签内：
<body>
<!-- 这里是其他的HTML标签 -->
<script> // 这里是代码 </script>
</body>
这样处理的好处是无需担心因页面未完成加载，造成DOM节点获取不到，使脚本报错的问题，而且能避免因脚本运行缓慢造成页面卡死的问题。另外，Yahoo的前端优化指南里就有这一条。
放在body后面是等body载入完后，依次往下执行，避免，先载入了js，缺找不到body里面的dom对象而造成js出错，所以一般要用window.onload来判断页面是否载入完成。
参考资料
一般script标签会被放在头部或尾部。头部就是里面，尾部一般指里[4-5]。
将script放在里，浏览器解析HTML，发现script标签时，会先下载完所有这些script，再往下解析其他的HTML。讨厌的是浏览器在下载JS时，是不能多个JS并发一起下载的。不管JS是不来来自同一个host，浏览器最多只能同时下载两个JS，且浏览器下载JS时，就block掉解析其他HTML的工作[1]。将script放在头部，会让网页内容呈现滞后，导致用户感觉到卡。所以yahoo建议将script放在尾部，这样能加速网页加载。
将script放在尾部的缺点，是浏览器只能先解析完整个HTML页面，再下载JS。而对于一些高度依赖于JS的网页，就会显得慢了。所以将script放在尾部也不是最优解，最优解是一边解析页面，一边下载JS。
所以[2]提出了一种更modern的方式：使用async和defer。80%的现代浏览器都认识async和defer属性[3]，这两个属性能让浏览器做到一边下载JS(还是只能同时下载两个JS)，一边解析HTML。他的优点不是增加JS的并发下载数量，而是做到下载时不block解析HTML。
<script type="text/javascript" src="path/to/script1.js" async></script> <script type="text/javascript" src="path/to/script2.js" async></script>带async属性的script会异步执行，只要下载完就执行，这会导致script2.js可能先于script1.js执行（如果script2.js比较大，下载慢）。defer就能保证script有序执行，script1.js先执行，script2.js后执行。
结论
- [2]认为，如果可以不考虑支持<IE9的IE，最好的做法是将script标签放在head中，并使用async/defer属性。这样浏览器就能一边下载JS，一边解析其他的HTML。
- Google自己的代码script放的也有点乱，有的放在后面[6]，有的放在里面[7]，还有的放在里面[8]。总体来说，放在里其实是最常见的做法。
- 本文只讨论script的位置，至于link和style，还是放在head里的做法比较常见。link也是要下载CSS的啊，为毛不考虑下载CSS阻塞HTML解析的问题呢？其实，一般情况下，JS和CSS，放在head和放在body区别不大。CSS的link放在body也是可以的，只是可能导致页面暂时没有样式[9-10]。
参考
[1] https://developer.yahoo.com/performance/rules.html#js_bottom=
[2] http://stackoverflow.com/questions/436411/where-is-the-best-place-to-put-script-tags-in-html-markup
[3] http://caniuse.com/#search=defer
[4] https://github.com/IgorMinar/foodme/blob/master/app/index.html
[5] https://github.com/GoogleChrome/wReader-app/blob/master/index.html
[6] https://github.com/GoogleChrome/multi-device/blob/master/_preview.html
[7] https://github.com/GoogleChrome/samples/blob/b2668086c25470e107e59f4ffa92dc0c21c63de3/beacon/index.html
[8] https://github.com/GoogleChrome/web-audio-samples/blob/gh-pages/samples/audio/adaptive-release.html
[9] http://stackoverflow.com/questions/4957446/load-external-css-file-in-body-tag
[10] http://stackoverflow.com/questions/1642212/whats-the-difference-if-i-put-css-file-inside-head-or-body