重新下载php5.3的升级脚本
wget http://down.wdlinux.cn/in/php_up53.sh
不忙运行，先修改php_up53.sh，查找./configure字段，在这行的末尾加上如下参数（我用的apache，用nginx的话，改对应的内容）
--with-mysql=mysqlnd --with-mysqli=mysqlnd --with-pdo-mysql=mysqlnd
这样php就把pdo_mysql作为内置功能，而不是扩展模块动态加载，加上mysqlnd是因为怀疑我用的那个软件是不是也需要这个功能。反正php5开始也把它作为内置的了，就一起编译吧。
然后安装
sh php_up53.sh
升级php5.3，成功！