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sort -- 文件内排序命令
sort将文件的每一行作为一个单位，相互比较，比较原则是从首字符向后，依次比较其ASCII码。
- 按每行升序排序：
sort seq.txt- 在输出行中去除重复行：
sort -u seq.txt- 输出行按降序排序：
sort -r seq.txt- 将输出结果重定向写入新的文件：
sort seq.txt > seq1.txt- 将输出结果重定向写入原来文件：
sort seq.txt -o seq.txt- 输出结果以数值而非ASCII码排序：
sort -n seq.txt- 按照指定列排序：
sort -t ':' -k 2, 2nb seq.txt-t指定分隔符，-k指定按照哪一列排序-
如果分隔符为制表符，则使用
-t $' ' - 稳定排序：
sort -s seq.txt- 合并多个有序文件
sort -m seq.txt seq1.txt
uniq
对于连续重复出现的行，只会打印第一行，而不会打印其他重复行。与sort连用。
- 一般用法：
uniq seq.txt- 打印出每行重复出现的次数：
uniq -c seq.txt- 打印出出现多次（大于1次）的行：
uniq -d seq.txt- 打印不存在重复行的行：
uniq -u seq.txt- 忽略掉前n个域：(忽略掉前n个域，将第(n+1)以及之后的域当做关键字)
uniq -f n seq.txt- 忽略掉前n个字符：
uniq -s n seq.txt- 忽略掉前n个域和前m个字符：
uniq -f n -s m seq.txt- d最多比较n个字符：
uniq -w n seq.txt
cut
cut命令用于打印出一个文件中指定的某几个域，或某几个字符，或某几个字节。
按字节打印
- 打印每行的第n个字节：
cut -b n seq.txt- 打印每行的第1-n这个范围的字节：
cut -b -n seq.txt- 打印每行的第n-最后范围的字节：
cut -b n- seq.txt- 打印每行的第m-n这个范围的字节：
cut -b m-n seq.txt- 打印多个范围的字节：
cut -b m-n,t-s seq.txt
按字符打印
- 打印每行的第n个字符：
cut -c n seq.txt
剩下的情况如按字节打印。
按域打印
cut 命令默认以制表符为一个分隔符。如果要自定义分隔符，用-d指定。cut -d '分隔符'
- 打印每行的第n个域：
cut -d '分隔符' -f n seq.txt
paste
paste命令用来将多个文件中的内容并列打印，或横排打印。每行有多个域，每个域对应一个文件中相应行的内容。任意两个域之间默认用一个制表符隔开。如果某一行中，某个文件没有内容，则相应域为一个空串。
- 一般语法：
paste filename1 filename2 filename3- 指定分隔符:
paste -d '分割符' filename1 filename2 filename3- 横排打印：(先打印完一个文件中的所有行到一行中，再打印另外一个文件中的所有行到下一行)
paste -s -d '分隔符' filename1 filename2 filename3
split
split命令用来将一个文件按字节或者按行分割成多个小文件。
- 按字节分割成多个文件：
split -b m -a p -d --additional-suffix='额外的后缀字符串' filename output-b指定字节数，可以带单位，如K, M, G, T, P, E, Z, Y;-a指定分割成的子文件的文件名的后缀长度。默认情况下后缀为[a-z]的字符串。-d指定后缀名为数字字符串，比如长度为2的数字字符串后缀为00，01，02...-additional-suffix指定额外的字符串；- output 为所分割成的子文件的文件名的前缀。
- 按行数分割成多个文件：
split -l m -a p -d --additional-suffix='额外的字符串' filename output- 如：
aplit -l 2 -a 2 seq.txt output
cat
将多个文件连接在一起并打印。一个文件连接到前一个文件的尾部。
- 一般语法：
cat filename1 filename2 filename3- 显示行号：
cat -n filename1 filename2 filename3
join
- 左连接：
join -a 1 -t '分隔符' -1 m -2 n filename1 filename2-a指定文件编号（只能为1或者2）。命令行中第一个文件的编号为1，第二个文件的编号为2.- 如果不指定，则表示进行内连接。只会打印出匹配并合并后的行；
- 如果指定为1，则表示进行左连接；
- 如果指定为2，则表示进行右连接。
- 如果既指定为1，又指定为2，则表示进行全连接。除了会打印出两个文件中匹配并合并后的行外，还会打印出第一个文件和第二个文件中不匹配的行。
-1是参数，用于指定需要进行匹配的第一个文件中的域的编号；-2是参数，用于指定需要进行匹配的第二个文件中的域的编号。- 在打印合并后的内容的过程中，会先打印匹配的域，然后分别打印第一个文件和第二个文件中的剩余部分
- 右连接：
join -a 2 -t ':' -1 1 -2 1 seq.txt seq1.txt- 全连接：
join -a 1 -a 2 -t ':' -1 1 -2 1 seq.txt seq1.txt- 内连接：
join -1 1 -2 1 seq.txt seq1.txt