只是两个数据库配置不同而已：
主数据库配置：
dbpath=D:MongoDBdata #数据库路径 logpath=D:MongoDBlogsmongodb.log #日志输出文件路径 logappend=true #错误日志采用追加模式，配置这个选项后mongodb的日志会追加到现有的日志文件，而不是从新创建一个新文件 journal=true #启用日志文件，默认启用 quiet=true #这个选项可以过滤掉一些无用的日志信息，若需要调试使用请设置为false port=27017 #端口号 默认为27017 master=true
从数据库配置：
dbpath=D:MongoDB2data #数据库路径 logpath=D:MongoDB2logsmongodb2.log #日志输出文件路径 logappend=true #错误日志采用追加模式，配置这个选项后mongodb的日志会追加到现有的日志文件，而不是从新创建一个新文件 journal=true #启用日志文件，默认启用 quiet=true #这个选项可以过滤掉一些无用的日志信息，若需要调试使用请设置为false port=8888 #端口号 默认为27017 slave=true source=127.0.0.1:27017
启动脚本：
binmongod --config etcmongodb2.conf
参考：http://www.cnblogs.com/huangxincheng/archive/2012/03/04/2379755.html