# Anaconda
一、modeller下载与安装
输入key码：MODELIRANJE
做下Basic Modeling 流程吧：
在python环境下运行下例子吧：（build_profile.py、compare.py、align2d.py、model-single.py、evaluate_model.py）
（这里还需要一个evaluate_template文件）
二、使用modeller对目的蛋白序列同源建模
>p1:dfra12
MNSESVRIYLVAAMGANRVIGNGPNIPWKIPGEQKIFRRLTEGKVVVMGRKTFESIGKPLPNRHTLVISRQANYRATGCVVVSTLSHAIALASELGNELYVAGGAEIYTLALPHAHGVFLSEVHQTFEGDAFFPMLNETEFELVSTETIQAVIPYTHSVYARRNG
1、添加额外的库：
Blast与PDB搜索，额外从公共数据库选两个相似蛋白来作为模版：2ZZA A 3JVX A（发现挑重复了于是我换了一个）
>P1;2ZZAA
structure:2ZZA: 1:A:
VIVSMIAALANNRVIGLDNKMPWHLPAELQLFKRATLGKPIVMGRNTFESIGRPLPGRLNIVLSRQTDYQPEGVTVVATLEDAVVAAGDVEELMIIGGATIYNQCLAAADRLYLTHIELTTEGDTWFPDYEQYNWQEIEHESYAADDKNPHNYRFSLLERVK
>3JVX:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
HHHHHHMRVSFMVAMDENRVIGKDNNLPWRLPSELQYVKKTTMGHPLIMGRKNYEAIGRPLPGRRNIIVTRNEGYHVEGCEVAHSVEEVFELCKNEEEIFIFGGAQIYDLFLPYVDKLYITKIHHAFEGDTFFPEMDMTNWKEVFVEKGLTDEKNPYTYYYHVYEKQQ
将数据库中的模版序列按下面格式添加入：pdb_95.pir中：
2、运行build_profile.py：修改代码
aln.append(file='dfra12.ali',alignment_format='PIR',align_codes='ALL')行。
Selecting a template(模版)
挑选E值为0，相似度大于35的序列：3dfr、1ra9、1df7A、1vdrA以及添加的2ZZAA、3jvxA，共五个模版，同时在PDB中下载对应的模版文件。
3、运行compare.py：
使用compare.py模版之间的结构和序列相似性。（修改对应的PDB）
输出结果如下：
分析下：1ra9A与2ZZAA具有几乎相同的结构和序列，1ra9A有更好的晶体结构，选1ra9A。3dfrA与1df7A也可以选，它们也有相似的结构域，分辨率也不错。
4、运行align2d.py：
dfra12分别与模版比对（1ra9A、3dfrA、1df7A）
修改并运行程序：
得到两个文件（dfra12-1ra9A ali与pap格式文件），打开pap格式文件：
同理再运行两次：
3dfrA：
1df7A：
5、运行model-single.py对dfra12三维建模：
获得了dfra12-1ra9A类似的文件就可以进行三维建模了。（1ra9A、3dfrA、1df7A）——这里还可以再跑两轮，我就没跑了，重复的过程，所以对选择会有点偏差，但是足够建模。（最后我还是跑了下）
由此可以得出不同的pdb文件：选molpdf和DOPE scroe高的模型，这里选第三个dfra12.B99990001。（1df7A）
用Chimera打开模型：
6、模型评估：（evaluate_model、plot_profiles）选dB1评估
运行evaluate_model:
得到：dfra12.profile文件；score : -15616.977539
运行evaluate_template.py：
得到：1df7A.profile文件；score: -17980.896484
运行plot_profiles：函数块之后的代码截图如下，
（residue-alignment）
相关文件：
链接：https://pan.baidu.com/s/1zKisFWJjtO2bdnxdO9Oncw
提取码：bfk3