R练习

m1<-seq(3)

rm(m1)

gc()

install.packages("biglm",dependencies=T)

linux下R可使用的最大内存是？

(9 篇回复) (5 个人参与)

发表于 2 年之前，作者：cyy024
来自 houliping 的最后回复
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1楼
cyy024
新手上路
注册于: 2008/01/08
发帖数: 14

服务器是16g的内存，
R的内存是不是也可以用到16g
要用什么函数增加内存吗？memory.list在linux下不适用。

谢谢！
2 年前回复 # 回复
2楼
pengchy
常规会员
注册于: 2007/01/02
发帖数: 311

你可以看看R-admin文档的8 Choosing between 32- and 64-bit builds（第22页）
2 年前回复 # 回复
3楼
pengchy
常规会员
注册于: 2007/01/02
发帖数: 311

在linux下，可以通过下面这个方式来增加R使用的内存，如果不行就多试几次，每次的结果可能会不一样。
在shell下启动R
R --max-vsize=3G
2 年前回复 # 回复
4楼
cyy024
新手上路
注册于: 2008/01/08
发帖数: 14

谢谢大家的帮助。
我按照上面的帮助把内存调大了。尝试读入了一个6g的数据，但是，我想做回归分析缺失败了。
报错原因是：Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb
是不是回归分析只能支持2.8g的数据呢？
2 年前回复 # 回复
5楼
刘思喆
版主
注册于: 2006/06/26
发帖数: 1,387

如果是 lm 的话，你可以试一试 biglm 包： bounded memory linear and generalized linear models
2 年前回复 # 回复
6楼
sociology
初级会员
注册于: 2006/11/13
发帖数: 195

引用第3楼cyy024于2009-06-30 09:50发表的 :
谢谢大家的帮助。
我按照上面的帮助把内存调大了。尝试读入了一个6g的数据，但是，我想做回归分析缺失败了。
报错原因是：Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb
是不是回归分析只能支持2.8g的数据呢？ [url=http://cos.name/bbs/job.php?action=topost&tid=15635&pid=73614][/url]

你一个回归模型中就需要所有6G的数据吗？如果不是，那就只导入需要的数据。
如果还是不行，那就试一下biglm.
2 年前回复 # 回复
7楼
cyy024
新手上路
注册于: 2008/01/08
发帖数: 14

继续发问题：
biglm包怎么安装？
参考了statistic with R上关于安装package的说明如下：
R CMD INSTALL Rgraphviz 1.5.0.tar.gz
echo /usr/lib/graphviz/ >> /etc/ld.so.conf
ldconfig
ln -s /usr/lib/graphviz/*.so* /usr/local/lib/

我做了如下程序：
(1)R CMD INSTALL biglm_0.7.gz
结果：
* Installing to library '/home/work/R-2.9.0/library'
* Installing *binary* package 'biglm' ...
* DONE (biglm)
(2)echo /home/work/R-2.9.0/library/biglm >>/etc/ld.so.conf
ldconfig
(3)ln -s /home/work/R-2.9.0/library/biglm /*.so* /usr/local/lib/
可是biglm目录下没有*.so*文件

以上步骤有哪里不对吗？谢谢大家指导!
2 年前回复 # 回复
8楼
刘思喆
版主
注册于: 2006/06/26
发帖数: 1,387

应该是 OS 上 R 的依赖库没有装全，这个比较麻烦
2 年前回复 # 回复
9楼
houliping
初级会员
注册于: 2006/11/26
发帖数: 65

引用第6楼cyy024于2009-07-01 10:55发表的 :
继续发问题：
biglm包怎么安装？
参考了statistic with R上关于安装package的说明如下：
R CMD INSTALL Rgraphviz 1.5.0.tar.gz
echo /usr/lib/graphviz/ >> /etc/ld.so.conf
....... [url=http://cos.name/bbs/job.php?action=topost&tid=15635&pid=73691][/url]

没必要这么复杂。你用的是linux的哪个发行版？建议直接在R里面运行install.packages("biglm",dependencies=T)命令安装biglm扩展包。
2 年前回复 # 回复

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