linux下编译C/C++ 程序

C/C++的速度是Python和perl所无法比拟的，尤其对于处理超大的生物信息学文件来说。

最近在写一个最简单的fastq cut工具，Python简直慢到不能忍，8G的fastq.gz文件的cut需要6-7个小时，而C++则只需要15-20min，简直就不在一个量级。

当然，听说Python有个cpython机制，可以加快速度，但和纯C++还是有差距的。

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C++的编译比较复杂，这里只能做个入门的介绍。

在linux环境下编译C++ 程序

g＋＋编译命令选项

学习linux之 gcc/g++常用的命令行编译指令

 

Makefile机制

Linux的库好复杂，现在都没搞懂。

export SOFTWARE=software
export PATH=$SOFTWARE/bin:$PATH 
export LD_LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib64:$SOFTWARE/lib:/usr/lib64:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH:$SOFTWARE/opt/lib
export LD_RUN_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_RUN_PATH
export CPATH=$SOFTWARE/include:$CPATH #include path for gcc
export LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$SOFTWARE/share/man:$MANPATH
export PKG_CONFIG_PATH=$SOFTWARE/lib64/pkgconfig/:$SOFTWARE/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
# export PERL5LIB=$SOFTWARE/lib/perl5:$SOFTWARE/lib/perl5/site_perl/5.8.8:$PERL5LIB

LD_LIBRARY_PATH，configure的时候要依赖很多so动态库，需要加载。

configure机制