Note from> http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/
1、生成拓扑
>gmx_mpi pdb2gmx -f pro2.pdb -o pro2.gro -water TIP3P
>5
2、检查拓扑
3、定义单位盒子并填充溶剂
>gmx_mpi editconf -f pro2.gro -o pro2_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
> gmx_mpi solvate -cp pro2_newbox.gro -cs spc216.gro -o pro2_solv.gro -p topol.top
4、添加离子
>gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c pro2_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
>gmx_mpi genion -s ions.tpr -o pro2_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 0 #没添加
5、能量最小化
> gmx_mpi grompp -f minim.mdp -c pro2_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm em &
6、NVT平衡
>gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm nvt &
7、NPT平衡
> gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm npt &
8、成品MD
> gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
> mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm md_0_1 &