1.基本概念
- 癌症是个很宽泛的概念/疾病。临床上的细致划分
- 异常增殖，长期发展，引发因素，基因突变+个人习惯+环境
- 病原感染/中国特色：乙肝病毒、HPV、EB病毒、幽门螺杆菌......，基因嵌入
- 突变积累
- 人类基因组计划与癌症基因组
- 基因突变类型
- 转录水平
- 表观遗传，CpG
- 癌基因与抑癌基因。大象不易患癌症？p53拷贝数多
- 癌基因KRAS：集中，少
- 抑癌基因APC：突变位点分散，多
- DNA修复基因Brac1/2：累积增加风险
- 肿瘤微环境：肿瘤细胞本身——影响周边
- 癌症多基因突变
- 细胞通路基因
- 分子定义、检测、诊断肿瘤，高通量多组学
2. 癌症基因组学发现
- 大计划：ICGC（超2.5万例）、TCGA
- 单癌种——泛癌（PCAWG）
- 肺癌为例：形态学——分子水平——全基因组
- 已经做了这么多，还需要做大队列？还有很多与癌症相关的基因功能不明确
- 已经做了外国人，要做中国人？异质性
- 大样本，一个案例的研究模式
高频突变基因发现（常见的和潜在的）；
关键基因如KRAS/TP53在原发灶与转移灶区别；
预后分析：变好or更差？
不同组学与临床关系，signature；
单癌种多组学
单组学泛癌种研究
变异特征及致癌机制研究，signature。特定类型与临床表型对应起来。如突变特征signature与致癌因素的关联
病毒感染的机制。 - 研究的设计巧妙性，样本不多时，癌症个体异质性与演化，变异的演化
3.罕见肿瘤
- 癌症比较基因组：比较EBV相关癌症的变异特征，如肺淋巴上皮瘤样癌与鼻咽癌、NKT淋巴瘤。常见亚型、少见亚型
4.癌症免疫组学
- 癌症免疫基因组及免疫微环境：肿瘤细胞与免疫细胞关系，免疫逃逸机制
- 原发？多原发？原发灶转移？
- 转录组肿瘤细胞浸润
- 不同免疫细胞功能
- 肿瘤新抗原预测
- 免疫组库：免疫多态性
- 单细胞：分类为不同细胞类型，B，T cells
5.液体活检
- 血液游离：cfDNA，外泌体
- 单基因——多基因panel
- 临床结合，预测，预后疗效改变，监控治疗过程
6.方向
- 后TCGA时代癌症研究：大队列/长期追踪项目，免疫治疗疗效代表的临床应用研究，新型诊断/治疗方法
- 科学发现——临床问题
肿瘤基因组临床应用专题：
【1】 肿瘤医学研究前言进展
【2】肿瘤基因检测相关技术原理
【3】肿瘤基因组数据分析方法概述
【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件
【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程
【6】肿瘤胚系突变遗传分析及数据库使用
【7】基于NGS检测体系变异解读和数据库介绍
【8】肿瘤临床遗传咨询及案例分析