【ThermoRawFileParser】质谱raw格式转换mgf

众所周知，Proteowizard MSconvert用于质谱原始数据的格式转换，但主要平台是windows，要想在Linux上运行需要打Docker或Wine，对于普通用户来说还是很困难的，想想质谱的数据动辄上百Gb要进行转换相当麻烦。

比利时根特大学Dr. Lennart Martens领衔的CompOmics group（这个团队在蛋白质组领域很牛）也开发了专门针对Thermo的raw格式转化的开源软件，使用简单，最主要的是对Linux用户友好。可转换的格式包括 mzML（默认），MGF，Parquet。

下载安装

下载链接：
https://github.com/compomics/ThermoRawFileParser/releases

选择一个版本解压就可用了（最好新建一个文件夹存放，否则解压的是在当前目录中）。

但是，Linux使用还需要通过跨平台软件Mono来调用。关于Mono的安装，可能有些普通用户会碰到问题，主要是依赖libgdiplus库，只要这个解决了，源码安装三部曲就行了，这里不加以赘述。

参数

可以通过mono ThermoRawFileParser.exe查看参数：

usage is ThermoRawFileParser.exe [subcommand] [options]
optional subcommands are xic|query (use [subcommand] -h for more info]):
  -h, --help                 Prints out the options.
      --version              Prints out the library version.
  -i, --input=VALUE          The raw file input (Required). Specify this or an
                               input directory -d.
  -d, --input_directory=VALUE
                             The directory containing the raw files (Required).
                               Specify this or an input raw file -i.
  -o, --output=VALUE         The output directory. Specify this or an output
                               file -b. Specifying neither writes to the input
                               directory.
  -b, --output_file=VALUE    The output file. Specify this or an output
                               directory -o. Specifying neither writes to the
                               input directory.
  -f, --format=VALUE         The spectra output format: 0 for MGF, 1 for mzML,
                               2 for indexed mzML, 3 for Parquet. Defaults to
                               mzML if no format is specified.
  -m, --metadata=VALUE       The metadata output format: 0 for JSON, 1 for TXT.
  -c, --metadata_output_file=VALUE
                             The metadata output file. By default the metadata
                               file is written to the output directory.
  -g, --gzip                 GZip the output file.
  -p, --noPeakPicking        Don't use the peak picking provided by the native
                               Thermo library. By default peak picking is
                               enabled.
  -z, --noZlibCompression    Don't use zlib compression for the m/z ratios and
                               intensities. By default zlib compression is
                               enabled.
  -l, --logging=VALUE        Optional logging level: 0 for silent, 1 for
                               verbose.
  -e, --ignoreInstrumentErrors
                             Ignore missing properties by the instrument.
  -u, --s3_url[=VALUE]       Optional property to write directly the data into
                               S3 Storage.
  -k, --s3_accesskeyid[=VALUE]
                             Optional key for the S3 bucket to write the file
                               output.
  -t, --s3_secretaccesskey[=VALUE]
                             Optional key for the S3 bucket to write the file
                               output.
  -n, --s3_bucketName[=VALUE]
                             S3 bucket name

案例

主要能用到的就1-4个参数，例如：

mono ThermoRawFileParser.exe -i=/home/user/data_input/raw_file.raw -o=/home/user/data_input/output/ -f=0 -g -m=0

至少可用一个参数：

mono ThermoRawFileParser.exe -i=/home/user/data_input/raw_file.raw

mono ThermoRawFileParser.exe -d=/home/user/data_input/

转换的过程：

转换的结果： 以下结果包含带压缩（-g参数）和不带压缩的。