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在VirtualBox的快速修复界面里，可以随时生成当前状态的备份。当生成了备份之后，会在Snapshots目录下创建一个新的VDI文件，之后对当前状态所做的一切操作都将针对最新的VDI文件，而VDI目录下的初始VDI文件就不会再改变了。
我一般在装好Guest OS并做完打补丁、安装常用软件等操作后就创建一个备份，如果GuestOS发生了问题可以随时恢复到干净的系统。但是有时需要在不同的软件环境下做不同的事情，开始时我希望能用一个VDI文件生成两个不同的备份并分别配置成不同的环境，但是发现VirtualBox的备份是线性的，也就是说只能针对当前状态做一个备份，而恢复备份时也只能恢复到上一个备份的状态，不能同时存在两个不同的当前状态。
没有办法，只能把初始的VDI文件复制出来一份用于另外的环境。但是很快发现，复制出来的VDI文件无法在虚拟介质管理器中注册，因为每个VDI文件都有一个唯一的uuid，而VirtualBox不允许注册重复的uuid。
看了帮助文件后，发现VBoxManage有一个clonevdi方法可以克隆VDI文件，并赋予它一个新的uuid。具体用法是在命令行里执行：
VBoxManage clonevdi 原始VDI文件名 新的VDI文件名
直接写VDI文件名即可，不用指明VDI文件所在路径，新的文件会在全局设定中指定的VDI目录下创建。如果VDI文件名里带有空格，应该在两端加上双引号。VBoxManage命令位于VirtualBox安装目录下，缺省路径是C:\ProgramFiles\Sun\xVM VirtualBox。
用这个方法创建了新的VDI文件后，就可以正常注册并在另一个虚拟机中使用了。
2008-12-25更新：
本月17日VirtualBox发布了2.10版，在这个版本里，VBoxManageclonevdi命令改为了VBoxManage clonehd，它的用法如下：
VBoxManageclonehd <uuid>|<filename><outputfile>
[-formatVDI|VMDK|VHD|RAW|<other>]
[-remember]
可以看到，使用-format参数，除了VDI格式的虚拟磁盘文件以外，它还支持VMDK（VMWare）、VHD（VirtualPC）等格式。为了向下兼容，它仍然支持使用VBoxManage clonevdi命令来复制VDI格式的文件。
2009-08-09更新：
在VirtualBox的最新版本中，已经可以将同一个vdi文件用于多个虚拟系统了。使用方法是：先按正常方式创建一个虚拟系统，创建或选择一个vdi文件，然后做一个备份；接下来创建第二个虚拟系统，再次选择这个vdi文件，同样也创建一个备份。这样，两个虚拟系统就可以各自在不同的环境下运行了，初始的vdi文件是不变的，各自的更改记录在备份文件中。
2009-12-05更新：
在刚刚发布的VirtualBox 3.1版中，增加了分支快照（branchedsnapshots）功能，可以恢复任意时刻的备份了，请参考《VirtualBox分支快照功能的使用》。