R语言的调试重要性不言而喻，这段时间准备改进一个R的包，但由于接触R时间不长，中间的很多东西不懂，需要重新打包调试，以对里面的很多程序有深入了解，下面从几个方面分享一下我的收获。
1、准备工作
a)R软件的下载http://cran.r-project.org/。
b)下载源码包，比如我下载了tsDyn（非线性时间序列）包，http://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html。
c)下载相关软件，这里主要指RStudio(http://www.rstudio.com/)和Revolution REnterprise(http://info.revolutionanalytics.com/free-academic.html，学术版的无需付费，SerialNumber:9369-3314-9053)。
d)如果需要打包，则需下载Rtools工具：http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/，当然，配套的MikTeX或CteX（备选）用来生成PDF格式的帮助文件。下载地址：http://www.miktex.org/，http://www.ctex.org/HomePage。
2、开始调试
a)R中的调试（重新打包调试）
如果你准备在R中调试，输入debugOnce(“functionName”)或debug(“functionName”)即可。然后输入函数调用，R会启用调试模式，提示符会由“>”变为”Browse[1]>”，这时敲回车键或“n”（next）即可实现单步调试，按“c”（continue）键跳出当前层次。当然，R中的调试很不爽的地方就是没有图形化的东西，一步一步，无法设置断点（或者用browse()设置断点，非常麻烦）。感觉回到了石器时代。
当然，如果你是不怕麻烦，可在你需要关心的地方写上cat，将关键信息输出，但需要重新打包，安装，每次至少需要5分钟的时间，麻烦（这是我一开始的调试方法），后来看了R编程艺术一书中的调试后，感觉使用其它工具调试是必须的。截图如下：
b)RStudio中的调试
在RStudio中调试可参考：http://www.rstudio.com/ide/docs/debugging/overview，需要0.98.274版本才支持调试。如果仍然不明白，可在Youtube上看Debugging R Applications视频，有三个：
http://www.youtube.com/watch?v=tUfJc24XDzs
http://www.youtube.com/watch?v=-3j466H8GUE
http://www.youtube.com/watch?v=tptSrIYOkpM
当然，需要翻墙哦。如果你还不会翻墙，请联系我或下载我下载的三个视频。在RStudio中调试优点就是可以图形化的调试，可设置断点，但唯一的缺点就是无法调试函数内部的函数，比如A函数调用了F函数，F函数又调用了G函数，如果你想调试G函数就无能为力了（或许有，但我还不知道）。感觉还是不爽，不过总算回到了计算机年代了，哈哈。
在RStudio中调试自己的程序，只需先将r源文件Source即可，如图：
c)Revolution R Enterprise中的调试
熟悉微软的MS Visual Studio的用户对上面两种方法的调试肯定还是不习惯，不过这种遗憾Revolution R Enterprise 6.2已经弥补了，调试功能强大。可参考下面的视频学习Revolution R Enterprise中的调试。
demo of debuggingin R
视频：http://www.revolutionanalytics.com/demos/revolution-productivity-environment/demo.htm
我调试tsDyn的截图为：
调试时,注意激活的文件不要为tests目录中的文件,最好为模型源码文件,比如lstar.r文件，否则调试进入不了里面的函数。
注意，如果报没有embedd函数的错误，请不要紧张，加载tseriesChaos包即可。
文章来源：
http://bbs.pinggu.org/forum.php?mod=viewthread&tid=2599706&page=1