尽管微软在中国市场已经表现出了相当多的诚意，例如与中国电科合作为政府开发定制版Windows 10，但国家工商总局并不打算就微软接受反垄断调查一事不了了之。
1月5日，国家工商总局网站发布的一则消息显示，国家工商总局专案组对微软公司、微软大中华区有关负责人进行反垄断询问调查，要求其就总局对微软公司涉嫌垄断案进行调查依赖获取的电子数据中有关重大问题进行说明，并要求其在选文调查后及时提交完整说明材料。
对此，微软方面有关人士回应称：“我们始终严格遵守中国的相关法律法规，并一直积极配合工商总局的调查。”
国家工商总局对微软的调查最早可追溯到2013年6月。当时国家工商总局根据企业举报进行核查，约谈了微软公司和有关企业负责人，微软公司也提交了相应的报告。
核查的问题主要是Windows操作系统和Office办公软件相关信息没有完全公开造成的兼容性问题、搭售、文件验证等等。这些问题涉嫌违反中国《反垄断法》。国家工商总局认为，经过前期核查不能消除微软公司上述行为具有反竞争性的嫌疑。于是，根据法律规定，对微软公司涉嫌垄断行为立案调查。
2014年7月28日，根据《反垄断法》规定，国家工商总局专案组对微软公司在内地的4个经营场所，即微软(中国)有限公司以及上海、广州、成都的分公司同时进行突击检查。
被检查人员包括微软公司副总裁、公司高级管理人员以及市场、财务等部门相关人员。工商执法人员复制了微软公司部分合同和财务报表，提取了电脑、服务器中储存的内部沟通文件、邮件等大量电子数据，查封扣押了2部工作电脑。
当时国家工商总局还特别强调，“由于微软公司以部分主要待检查人员不在国内、北京或联系不上为由，使本次突击检查未完成全部检查内容。”
紧接着，国家工商总局专案组对微软全球副总裁Mary Snapp、陈实等人进行反垄断调查询问。国家工商总局还正告微软公司要严格遵守中国法律，不得以任何方式干扰、阻碍案件调查，保证案件调查的客观公正。 微软公司承诺表示，会遵守中国法律，全面配合国家工商总局的调查工作。
2014年9月25日，国家工商总局局长张茅还会见了来访的微软公司首席执行官萨提亚·纳德拉等人。针对张茅强调“进一步加大反垄断和反不正当竞争工作力度，在监管中对中外资企业一视同仁，为企业营造公平竞争的市场环境”的说明，微软也表示会积极配合。
但从现在的结果来看，国家工商总局对微软的说明并不满意。和微软有着类似遭遇的还有另外一家外资公司高通。去年2月10日，国家发改委公布了对全球最大的手机芯片厂商美国高通公司反垄断调查和处罚的结果，责令高通公司停止相关违法行为，处以2013年度中国市场销售额8%的罚款，计60.88亿元。
该罚单创下了中国反垄断调查罚款金额之最。但对上述结果，高通表示接受，既不申请行政复议，也不提起行政诉讼。如果国家工商总局坚持对微软继续进行调查，而微软又无法拿出有效的信息来表明自己的“非垄断”行为，这家公司或许很有可能像高通一样迎来另一张巨额罚单。
不过，在信息安全以外的业务，微软方面并未受到太多影响。除与中国电科的合作外，微软还将智能语音机器人小冰送进了东方卫视，此前在中国国家领导人赴美访问期间也与中方进行了长时间的会谈，其Surface和Windows 10等软硬件产品也处于持续推广中。