网络图 Network
网络图虽然给人高大上的感觉，但是由于信息太多，无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么，总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络，自己读不懂网络想表达的意思及其重要性。
因此我要举一个网络分析重要的例子，大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子，其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子，只是Yamanaka是第一实验验证的。值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯，据説是当时这课题没人看好，也没人帮助，全是一作自己干的。
网络绘制工具
以OTU共丰度网络为例，常用的工具有MENA, LSA, SparCC和 CoNet四种网络构建方法，可视化的部分常用Cytoscape。详细的翻译见文章：微生物相关网络构建教程中文http://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/73148650
网络图的应用
1、显示群体内个体间的关系；正/负/无相关
2、显示群体内间的调控关系，具体可分类几个高度相关的子网络/模块；
3、寻找中心结点物种，用于人工重组微生物组实验，验证网络的结构和功能；
4、显示不同群体间共有或特有的OTU；
看图实战(Result)
示例1. OTU共丰度网络
这篇文章分析了水稻根不同区域的细菌组成，16S分析文章较系统的作品，两年被引用147次，推荐阅读
图5. 共丰度OTU网络，展示与甲烷循环相关的OTU模块
- A. 展示网络分析中11个与甲烷循环相关的模块，图中所有线为Pearson相关系数大于0.6的两个OTU间的连线；
- B. 单独展示与产甲烷菌、营养共生、甲烷氧化菌和其它甲烷循环功能高度相关的模块119，其中与以上四类相关的OTU添加了字母标签，对图例对应；
- C. 展示模块119在不同时间和生态位间的丰度变化
1、图中元素解释：以图A为例说明
图中每个点代表一个OTU
图中的连线/边代表相连的两个OTU间Pearson相关系数大于0.6，即有明显的正相关。
图中点的颜色代表该OTU处于不同的模块，图中的图注标示不同模块对应的颜色。
2、图表结果：图中关注了水稻根细菌组相关网络中与甲烷相关的模块；并展示了其中一个模板示例存在多个与甲烷相关的OTU，并发现这类菌在不同生态位和地区的相对丰度存在明显变化。
3、经验和技巧：每个模块一般为相关联接很紧密的一组OTU形成的子网络。在同一套数据中，一般会形成数量从大到小的若干子网络。本图只关注了正相关的关系，其实还存在许多菌/OTU间负相关的关系
示例2. 网络图展示不同海拔区域真菌的共有和特有情况
这篇文章是南土所褚海燕老师组杨腾博士2016年发表在Enviromental microbiology上的文章，主要研究了长白山地区不同海拔分布下树木叶片内生真菌的分布，研究真菌的推荐阅读
- 图4. OTU网络图展示不同海拔样品真菌属水平的OTU互作。
1. 图表元素
- 图中每个点代表一个OTU的真菌属，一共有242个属。
- 左侧的点表示这些属只出现在某一特定海拔
- 右侧则表示这些属出现在多个海拔位置。
- 图中间为不同海位置的类，与对应的各组相连；
2. 图表结果：图中展示了不同海拔特有和共有的真菌属数量。其中有62个属出现在所有的海拔位置，而且这些属所占的丰度达到总测序量的98%。
3. 经验和技巧：此图为使用QIIME的make_otu_network.py程序分析获得的点和边文件结果，虽然叫网络，个人认为只是Venn图的变形，还是展示OTU共有和特有的情况，只是图片感觉更高端大气。而且分类的组可自由定义。比如右下角的OTU shared 2-5 组，Venn是做不到的。还有图片的配色，黑底绿线白字是不是很B格满满，有骇客帝国的感觉。