最近开始做NGS的分析,数据明显更大,在自己的机子上面做有些不现实了,需要登录高性能计算机。
1. 目录结构:
home directory: /auto/rcf-40/USERNAME -- only 1 GB
project directory: /home/rcf-proj/cy/USERNAME -- 100 GB 所以主要在这个目录下面操作!
2. screen 命令
使用hpcc的一个很重要的命令是screen
如果不使用screen命令的话,那么你在跑任务的时候需要一直开着terminal(according to QY)。那么,如何只是让它跑着,却可以安心把terminal关掉而不管它呢?就是screen!
screen 即进入screen模式
ctrl+A - ctrl+D连按,可以安全退出screen(即,screen中的工作仍在运行,不会终止)
在screen中写命令:exit,可以退出screen的工作
screen -r 可以resume你的screen (比如你terminal关掉一段时间后重新打开,可以重新看到你的工作)
3.PBS 文件
对于一些长时间运行的程序,需要用PBS文件来操作。
#!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 注:nodes是hpcc中计算节点的选项,ppn是processor number的选项 #PBS -l walltime=00:00:59 注: 这里是运行最长时间的选项,对于sequencing data,可以选择23:59:59 cd /home/rcf-proj3/pv/test/ ### 切换到你的脚本目录 source /usr/usc/sas/default/setup.sh ### 对于某些程序需要启动一些软件如SAS sas my.sas ### 运行程序
其实,PBS 文件相当于一个shell脚本,只不过文件头有所不同。
执行时,
qsub myjob.pbs 即可!