攻击珍珠港的行动后来被证明将战列舰摧毁的作用远比预想的要小得多，在珍珠港的行动实际上仅摧毁了美国陈旧的大舰巨炮主义，航空母舰则丝毫未损[48]，不足以长时间影响战局，山本曾说道：“头六个月或一年大约是可以顺利进攻的。但对于第二和第三年的战事，我就毫无信心了...[49]”；另外，就山本的计划是为了阻止美军往太平洋东部救援，而美军计划（即橙色计划）则是与日军开战时要放弃其据点，并于大本营拟定之地点决战，因此攻击珍珠港是原本日美两方都没有想过的，也可以说山本此计划是没有必要的。而关于第三波攻击，山本也由于此事对南云的不破坏基础设施和油槽透露过不满，其表示南云中将像一个小偷得手后急急逃跑，没有抓住机会继续扩大战果，南云对此则不认同，并重申已达到预期目的。在日本奇袭珍珠港，大败美军舰队消息传开后，日本国内举国欢腾，东条英机甚至说：“我保证终能取得最后胜利”，山本在写给他姐姐的信中说道：“战争终于要开始了，虽然现在到处充溢着热闹喧哗，但这一切都会消失……珍珠港的胜利微不足道，不适合用来大肆宣传，这样会使日本人民忽略了事情的严重性[10]”，最重要的可能是珍珠港事件立刻将一个本来意见不齐的国家动员起来了。它将美国团结起来，一起要战胜日本，它可能也是后来盟军要求无条件投降的原因。
南云中将的功过在历史上很难下个定论，在战前，南云在海军内部的评价是：“勇猛，富决断力，并且是未来担负海军责任的人”，但开战之后，一般来说，许多战史评论者认为他犯了很多错误，包括：
- 在攻击珍珠港时，虽然山口多闻少将与三川军一中将都建议进行第三波攻击，但南云并未采纳。
- 中途岛之役中，拒绝山口少将先攻美军的建议，并因更换武装与回收飞机而延误近两小时才准备攻击，也正好在这时，美军轰炸机找到了南云舰队，并发动突袭。
- 在圣塔克鲁兹之役中，南云把指挥权移交给角田中将，自己脱离战场。结果角田积极的攻击精神，让南云反而像是脱逃。
反论者则认为：
- 前两波攻击珍珠港已花去太多时间，南云并不知道美军航舰的位置，如果再准备第三波攻击，一来可能给美国人反击的机会，二来日军此时已无奇袭可能，第三波攻击的损失可能会很大。此外，虽然有部属建议进行第三波攻击，但南云的参谋长草鹿少将反对，督战的山本大将的意愿也不高，加上军令部总长永野修身大将也有“要把每一艘航舰安全带回”的命令。
- 中途岛之役中，美军的攻击机群因无战机护航，而导致严重损失。若依山口的建议直接攻击，除了日军的攻击机队可能严重损失外，大部分前往攻击中途岛的飞机也可能因为无法降落最后因油料不足而全数损失（当时航舰进行起飞作业无法回收其他飞机）。这是草鹿少将与源田中佐反对立刻攻击的理由 [4]。
此外，由于军事哲学的不同，日本重攻击但轻防御，因此当日军攻击美军重防护的飞机与船舰时，往往被美军的防卫系统痛击。加上缺乏早期预警系统（雷达），一旦被攻击，日军的防御常常被突破，这也让日军从珊瑚海之役后就渐次丧失制海权。但这些技术性的事务并非南云所能改变。有评论者曾论，如果南云不是指挥第一航空舰队，而是指挥以巡洋舰与驱逐舰所组成的第二舰队，可能更符合南云的个性 [5]。
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南云在战前搞的战场预算，是损失2艘航母。但是看到没有损失，他的脑子就被航母的安全给填满了。
山本五十六长叹一声：南云君如小贼入室，初时胆大包天、势在必得，然而一有收获，就胆小如鼠，赶紧就溜吧：
https://www.youtube.com/watch?v=ZQH7UyZh4qY