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在谈到如何获取确实的知识时，当时许多人持一种全然怀疑的论调，认为人应该接受自己一无所知事实。但笛卡尔却不愿如此。他如果接受这个事实，那他就不是一个真正的哲学家了。他的态度就像当年苏格拉底不肯接受诡辩学派的怀疑论调一样。在笛卡尔那个时代，新的自然科学已经开始发展出一种方法，以便精确地描述自然界的现象。同样的，笛卡尔也觉得有必要问自己是否有类似的精确方法可以从事哲学的思考。
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当时新兴的物理学也已经提出‘物质的性质为何’以及‘哪些因素影响自然界的物理变化’等问题。人们愈来愈倾向对自然采取机械论的观点。然而，人们愈是用机械论的观点来看物质世界，肉体与灵魂之间有何关系这个问题也就变得愈加重要。在十七世纪以前，人们普遍将灵魂视为某种遍布于所有生物的‘生命原理’。事实上，灵魂(sou1)与精神(spirit)这两个字原来的意思就是‘气息’与‘呼吸’。这在几乎所有的欧洲语言中都一样，亚理斯多德认为灵魂乃是生物体中无所不在的‘生命因素’(lifeprinciple)，是不能与肉体分离的。因此，他有时说‘植物的灵魂’，有时也说‘动物的灵魂’。一直到十七世纪，哲学家才开始提出灵魂与肉体有所区分的论调。原因是他们将所有物质做的东西－－包括动物与人的身体——视为一种机械过程。但人的灵魂却显然不是这个‘身体机器’的一部分。因此，灵魂又是什么呢?这时就必须对何以某种‘精神性’的事物可以启动一部机器这个问题做一个解释。
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笛卡尔认为除非我们能够清楚分明地知道某件事情是真实的，否则我们就不能够认为它是真的。为了要做到这点，可能必须将一个复杂的问题尽可能细分为许多不同的因素。然后我们再从其中最简单的概念出发。也就是说每一种思想都必须加以‘斟酌与衡量’，就像伽利略主张每一件事物都必须加以测量，而每一件无法测量的事物都必须设法使它可以测量一样。 笛卡尔主张哲学应该从最简单的到最复杂的。唯有如此才可能建立一个新观点。最后，我们还必须时时将各种因素加以列举与控制，以确定没有遗漏任何因素。如此才能获致一个结论。 笛卡尔希望用‘数学方法’来进行哲学性的思考。他用一般人证明数学定理的方式来证明哲学上的真理。换句话说，他希望运用我们在计算数字时所有的同一种工具——理性——来解决哲学问题，因为唯有理性才能使我们得到确实的知识，而感官则并非如此确实可靠。
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笛卡尔并不认为怀疑一切事物是合理的，但他以为从原则上来说怀疑一切事物是可能的。举个例子，我们在读了柏拉图或亚理斯多德的著作后，并不一定会增强我们研究哲学的欲望。这些理论固然可能增进我们对历史的认识，但并不一定能够使我们更加了解这个世界。笛卡尔认为，在他开始建构自己的哲学体系之前，必须先挣脱前人理论的影响。
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笛卡尔宣称宇宙间共有两种不同形式的真实世界(或称‘实体’)。一种实体称为思想或‘灵魂’，另一种则称为‘扩延’，或称物质。灵魂纯粹是属于意识的，不占空间，因此也不能再分解为更小的单位；而物质则纯粹是扩延，会占空间，因此可以一再被分解为更小的单位，但却没有意识。笛卡尔认为这两种本体都来自上帝，因为唯有上帝本身是独立存在的，不隶属任何事物。不过，‘思想’与‘扩延’虽然都来自上帝，但彼此却没有任何接触。思想不受物质的影响，反之，物质的变化也不受思想的影响。
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笛卡尔的结论是：人是一种二元的存在物，既会思考，也会占空间。因此人既有灵魂，也有一个扩延的身体。圣奥古斯丁与圣多玛斯也曾经说过类似的话。他们同样认为人有一个像动物一般的身体，也有一个像天使一般的灵魂。在笛卡尔的想法中，人的身体十足是一部机器，但人也有一个灵魂可以独立运作，不受身体的影响。至于人体则没有这种自由，必须遵守一套适用于他们的法则。我们用理智所思考的事物并不发生于身体内，而是发生于灵魂中，因此完全不受扩延的真实世界左右。
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“机械装置”指的就是一种能够自行运转的东西。不过这显然只是一个幻觉，事实上他们并不是真的能够自行运转。举例来说，一座天文钟不但是由人类制造的，而且必须有人来上发条。
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我们已经创造一些有时看起来似乎很有智慧的机器。类似这样的机器将会使笛卡尔吓破胆。他也许会开始怀疑人类的理性是否真的像他所说的那么独立自主。现代也有一些哲学认为人的精神生活并不比身体各官能要自由。当然人的灵魂确实是比任何数据程式都要复杂得多，但有些人认为基本上我们就像这些数据程式一样是不自由的。
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听起来可能有点奇怪，在哲学上，伦理学研究的是过善良生活所需的道德行为。这也是我们提到苏格拉底或亚理斯多德的‘伦理学’时所指的意思，可是到了现代，伦理学却多多少少沦为教导人们不要冒犯别人的一套生活准则。
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根据史宾诺莎的说法，我们人类可以认出上帝的两种特质(或上帝存在的证明)。史宾诺莎称之为上帝的‘属性’。这两种属性与笛卡尔的‘思想’和‘扩延’是一样的。上帝(或‘自然’)以思想或扩延的形式出现。上帝的属性很可能无穷无尽，远不止于此。但‘思想’与‘扩延’却是人类所仅知的两种。”史宾诺莎认为所有的物质和发生在我们周遭的事物都是上帝或自然的表现方式。如此说来，我们的每一种思绪也都是上帝或自然的的思绪。因为万事万物都是一体的。宇宙间只有一个上帝、一个自然或一个实体。
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上帝并不是一个傀儡戏师傅，拉动所有的绳子，操纵一切的事情。一个真正的傀儡戏师傅是从外面来操纵他的木偶，因此他是这些木偶做出各种动作的‘外在因’。但上帝并非以这种方式来主宰世界。上帝是透过自然法则来主宰世界。因此上帝(或自然)是每一件事情的‘内在原因’。这表示物质世界中发生的每一件事情都有其必要性。对于物质(或自然)世界，史宾诺莎所采取的是决定论者的观点。
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史宾诺莎强调世间只有一种存在是完全自主，且可以充分自由行动的，那就是上帝(或自然)。唯有上帝或自然可以表现这种自由、‘非偶然’的过程。人可以争取自由，以便去除外在的束缚，但他永远不可能获得‘自由意志’。我们不能控制发生在我们体内的每一件事，这是扩延属性的一个模态。我们也不能‘选择’自己的思想。因此，人并没有自由的灵魂，他的灵魂或多或少都被囚禁在一个类似机器的身体内。
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经验主义者就是那些从感官的经验获取一切关于世界的知识的人。亚理斯多德曾经说过；‘我们的心灵中所有的事物都是先透过感官而来的。’这是对经验主义的最佳说明。这种观点颇有批评柏拉图的意味。因为柏拉图认为人生下来就从观念世界带来了一整套的‘观念’。洛克则重复亚理斯多德说的话，但他针对的对象是笛卡尔。
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洛克认为，在我们的感官察知任何事物前，我们的心灵就像老师还没有进教室之前的黑板一样空白。他也将此时我们的心灵；比做一间没有家具的房间。可是后来我们开始经验一些事物，我们看到周遭的世界，我们闻到、尝到、摸到、听到各种东西。其中又以婴儿最为敏锐。这是洛克所谓的‘单一感官概念’。然而，我们的心灵除了被动地接收外界的印象之外，同时也积极地进行某种活动，它以思考、推理、相信、怀疑等方式来处理它所得到的各种单一感官概念，因此产生了洛克所谓的‘思维’(reflection)。所以说，他认为感觉(sensation)与思维是不同的，我们的心灵并不只是一具被动的接收器，它也会将所有不断传进来的感觉加以分类、处理。