bioawk

https://github.com/lh3/bioawk

1、基本思想

使用：

usage: bioawk [-F fs] [-v var=value] [-c fmt] [-tH] [-f progfile | 'prog'] [file ...]

 bioawk基本思想是把组成不同类型的文件（sam、bam、fasta、fastq、vcf）的基本元素封装成变量，直接调用即可。

 上面出现的名称即可引用其变量。

2、实际例子

打印fasta序列ID、序列、长度、GC含量：

bioawk -c fastx '{print "ID: "$name"	length: "length($seq)"	GC: "gc($seq)"	"$seq}' demo.fa

 

引用：https://blog.csdn.net/qq_42491125/article/details/92849378