Rosetta中准备配体的参数文件

它这个类似charmm里的prm。不过这个Rosetta可以自动帮你生成prm。

1、从pdb中获得配体。（这一步我不是很会，不过可以用高斯view进行一个结构优化得到配体）

2、进行加H步骤，实际上就是H优化，这一步也是可以用高斯来进行，直接优化结构。

3、使用molfile—to—param.py ，这就是脚本进行运算。也可以使用— —help来查看该脚本的用处。

最终得到prm。

所以今天就是对Rosetta这个运行过程有一些了解。学了两天score和prepare ligand会了。