http://sslab.cs.nthu.edu.tw/~dyhong/parallel/faq.html
[ FAQ ]
[1] 每次執行MPI程式時都需要求輸入密碼很多次嗎？
[2] Queue Software使用說明
[3] 使用queue軟體出現 p4_error: Child process exited while making connection to remote process on XXX
[1] Q: 每次執行MPI程式時都需要求輸入密碼很多次嗎？
A: 因為MPI使用SSH protocol登入到各機器上啟動程式執行，因此每次需要登入到其他機器時，系統一定會要求你輸入密碼
如果你已經對每次都要輸入密碼而感到厭煩，透過下列步驟可以讓你以後跑程式時都不需要再輸入密碼
請依序執行下列指令:
# ssh-keygen -t rsa
(接著會要求你輸入一些東西，按<ENTER>即可)
# cd ~/.ssh
# cp id_rsa.pub authorized_keys
[2] Q: Queue Software使用說明
A: 當大家的程式(job)同時在系統中執行時，這些程式間會彼此競爭CPU資源，為了避免同學的程式執行時不會被其他人的程式干擾，
以確保程式的效能數據是準確的，請大家務必使用Queue System。
Queue system會監控整個cluster系統中所有CPUs的狀態，並根據大家送出的程式(並指定此程式執行時需要的CPU個數)、
最後將此程式指派到系統中閒置的CPU(s)上去執行。
以下是幾個大家使用Queue System時常用的指令：
# qsub (submit a job)
# qstat (show job status)
# qdel (cancel a job)
qsub 的使用方法：
當同學要傳送job時，希望大家搭配下列的script來執行。 Download pbs_parjob.sh
執行方式如下：
# qsub pbs_parjob.sh
下列是pbs_parjob.sh的內容：
### Job Name
#PBS -N mpijob
### submits the job to the queue which name is "batch"
###PBS -q batch
#PBS -q batch
### requests 4 nodes, and each node has 2 Processing Units.
#PBS -l nodes=4:ppn=2
### Declare job non-rerunable
#PBS -r n
# Print the name of the node on which this script has started and the time.
echo "====================================================================="
echo "Starting on `hostname` at `date`"
#PBS_NODEFILE=$1
# The environment variable $PBS_NODEFILE lists the name of a file contain
# a list of the nodes that are available to this job.
# The mpirun command will use $PBS_NODEFILE for its machinefile.
# See the mpirun man page for details.
if [ -n "$PBS_NODEFILE" ]; then
if [ -f $PBS_NODEFILE ]; then
# print the nodenames.
echo
echo "Nodes used for this job:"
echo "------------------------"
cat ${PBS_NODEFILE}
echo "------------------------"
# Count the number of lines in $PBS_NODEFILE so that we can get the
# number of available processors. Put this in the $NP variable.
# Unfortunately, PBS doesn't give us this information automatically.
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
fi
fi
# Display this job's working directory
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
# Use mpirun to run MPI program.
# /opt/mpich/gnu is the MPICH compiled with GCC version, and mpirun is the launch script.
# If your MPI program is compiled with Intel compiler, you can specifies /opt/mpich/intel/bin/mpirun.
# if your MPI program is compiled with PGI compiler, you can specifies /opt/mpich/pgi/bin/mpirun.
###/opt/mpich/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS ./program/hello3
time mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS ./parallel_program_name
# time ./sequential_program_name
# print end time
echo
echo "Job Ended at `date`"
echo "====================================================================="
Script說明：
PBS -N <Jobname> (設定Jobname。並在程式結束後產生2個輸出檔，附檔名為.o及.e)
(如上例，Jobname為mpijob，輸出檔為mpijob.o及mpijob.e分別紀錄stdout及stderr的值)
PBS -l nodes=<X>:ppn=<Y> (設定程式執行需要X nodes，每個node上用Y個processing unit)
(如上例，使用4個nodes，每個node上用2個processing units。)
(當執行sequential程式時，務必設定X=Y=1。若為平行程式，請參照platform中的設定值)
執行MPI程式時，使用time mpirun...那一行。Sequential程式使用time ./sequential...
若欲更動其他的參數值，請詳閱說明文件。
qstat 的使用方法：
# qstat -a (查詢queue中job的詳細狀態)
# qstat -n (列出job在各node上執行的詳細情況)
qdel 的使用方法：
# qdel <JobID> (刪除佇列中id為JobID的程式。JobID可由qstat -a查詢得知)
更多用法請使用man查詢, ex:
# man qsub
# man qstat
# man qdel
[3] Q: 使用queue軟體出現 p4_error: Child process exited while making connection to remote process on XXX
A: 因為queue軟體無法和使用者互動做輸入訊息的動作，所以當需要使用者輸入訊息時，
你的程式會停住不動，直到一段時間後queue軟體將你的程式結束並顯示上述錯誤訊息。
因此有幾點需要注意：
1. 你所寫的程式不要使用到需要和使用者互動的函式，如scanf(), getchar()等。
2. 讓Queue軟體登入到其他機器時不會有互動的清況發生，如輸入密碼或yes/no的問題。測試方法如下執行：
# ssh <Hostname>
(在Blade server上 Hostname 為node01, node02, ~, node05, node06)
(在VIA cluster上 Hostname 為VIAC3-01, VIAC3-03, VIAC3-04, ~, VIAC3-11, VIAC3-12)
如果需要輸入密碼，使用FAQ[1]解決。如果需要輸入yes/no則輸入yes。
當確定不會有任何互動的動作發生，則不會出現此錯誤訊息。