我们构建的每个程序集既可以是一个可执行应用程序，也可以是一个dll。当然，最终由CLR来管理这些程序集中的代码的执行。这意味着必须在主机上安装好.net framework。要想知道是否已经安装.net framework，可以检查％systemroot％system32目录下的MSCorEE.Dll文件，若存在该文件，表明.net framework已经安装。
如果程序集文件中只包含类型安全的托管代码，那么无论在32位版本的windows上，还是64位版本的windows上，所写的代码都应该能够正常工作。在这两种版本的windows上运行，源代码无需进行任何改动。事实上，编译器最终生成的exe/dll文件不仅能在32位windows上运行，还能在64位windows的x64和IA64版本上运行。也就是说，只要机器上安装了.net framework的某个版本，文件就能在这台机器上运行。
在极少数的情况下，开发人员编写的代码需要在一个特定版本的windows上运行。例如，假如要使用不安全代码，或者要和针对特定cpu构架的非托管代码进行互操作，就可能遇到这种情况。
运行一个可执行文件时，windows会检查这个exe文件的头，判断应用程序需要的是32位地址空间，还是64位地址空间。具有pe32头的文件可以在32位或64位地址空间中运行，具有pe32+头的文件则要求一个64位地址空间。windows还要检查头中嵌入的cpu构架信息，确保它和cpu类型相匹配。
在windows检查exe文件头，判断是创建32位进程，64位进程，还是wow64进程之后，windows在进程的地址空间中加载MSCorEE.Dll的x86，x64或者IA64版本。然后，进程的主线程调用MSCorEE.DLL内部定义的一个方法。这个方法初始化CLR，加载EXE程序集，然后调用其入口方法（Main）。随即，被托管的应用程序将启动并运行。
如果一个非托管应用程序调用LoadLibrary来加载一个托管的程序集，windows会知道加载并初始化CLR来处理包含在程序集中的代码。当然，这种情况下，进程已经启动并运行，而且这可能会限制程序集的可用性。例如，用32位开关编译的程序集没办法加载到一个64位的进程中。