弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因，haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因，因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。
解决方案一：针对vcf格式的文件；
用到命令：--min-alleles 2 --max-alleles 2
先在linux上下载安装vcftools软件，下载地址“https://vcftools.github.io/man_latest.html”
具体命令如下 ：
/vcftools --gzvcf your.vcf.gz --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out yourvcf_snps /vcftools --vcf /to/your/pathway/yourvcf_snps.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink --out /to/your/pathway/file
“/vcftools”指vcftools软件在终端上的路径
“file”是指你想保存的文件名字。
VCFtools的所有命令见此网页：https://vcftools.github.io/man_latest.html
解决方案二：如果原始文件是plink格式，也可以用以下格式修改：
/software/plink --noweb --file filetext --snps-only --recode --out filetext_snponly