本周最新文献速递20210613
文献 一
文献题目： Leveraging supervised learning for functionally informed fine-mapping of cis-eQTLs identifies an additional 20,913 putative causal eQTLs
不想看英文题目： 利用监督学习对顺式 eQTL 进行功能性精细定位，鉴定了额外的 20,913 个因果 eQTL
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)
研究意义： GWAS 发现了大多数表型相关的非编码变异位点，但目前对非编码变异位点的功能注释十分有限。最常见的方法是通过实验评估变异位点对基因表达的影响，但这种方式较为低效。因此，利用现有的高通量数据对非编码变异位点进行功能预测，有助于因果变异位点的推断。
结论：
1） 作者首先构建了随机森林分类器，纳入的特征变量包括：807 个二分类功能注释（细胞类型特异性组蛋白修饰、非细胞类型特异性功能注释）、5313个basenji 得分、转录起始位点距离（TSS）。随机森林分类器输出的分数（EMS）可反映变异位点为因果 eQTL的概率；
2）与TSS、DeepSEA、CADD、GERP、ncER和Fathmm等相比，EMS的性能表现更好，可以富集到更多的因果变异位点，用GTEx v8、MPRA、raQTLs和UKBB数据集均能支持此结论；
3）利用 EMS得分进行精细定位，以PIP表示变异位点具有因果性的后验概率，比起前人的方法PIP_unif，PIP_EMS可识别出更多的因果 eQTL;
4）由于变异位点之间高度连锁，以_CITED4_基因上的几个变异位点为例，传统的共定位方法无法鉴别出哪个位点具有因果性，采用EMS方法，可识别出rs35893233具有最高的后验概率(PIP_EMS = 0.956），该位点为SPI1的结合基序，参与骨髓分化，可解释中性粒细胞计数的生物学过程，说明EMS方法可有效鉴别出前人未发现的因果变异位点；
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34099641/
doi: 10.1038/s41467-021-23134-8
公开的资料：
EMS score:
https://www.finucanelab.org/data
CADD v1.4 and GERP scores:
https://hail.is/
ncER scores:
https://github.com/TelentiLab/ncER_datasets
DeepSEA v1.0 scores:
https://humanbase.readthedocs.io/en/latest/deepsea.html
Fathmm v2.3 noncoding scores:
http://fathmm.biocompute.org.uk/
MPRA data:
http://mpra.gs.washington.edu/
raQTL data:
https://osf.io/w5bzq/wiki/home/
Human transcription factor (TF) data:
http://humantfs.ccbr.utoronto.ca/download.php
The UKBB fine-mapping results:
https://www.finucanelab.org/data
code:
https://github.com/FinucaneLab/Expression_Modifier_Score/
文献 二
文献题目： Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers Intratumoral Heterogeneity and Underlying Mechanisms for Drug Resistance in Hepatobiliary Tumor Organoids
不想看英文题目： 单细胞转录组分析揭示肝胆肿瘤类器官的肿瘤异质性和耐药机制
杂志和影响因子： Adv Sci (Weinh) (IF: 15.66; Q1)
研究意义： 肿瘤间和肿瘤内的分子异质性是导致耐药性的主要因素。本研究通过肝胆肿瘤类器官的单细胞 RNA 测序探索肿瘤异质性和进化。
结论：
1）收集 7 例原发性肝胆肿瘤类器官标本，进行scRNA-seq 和药物筛选，得到 22 505 个细胞，HCC272 被鉴定为增殖阶段相关的基因，在上皮间质转化得分较高（肿瘤侵袭和转移的潜在驱动因素），且具有广谱耐药性；
2）进一步分析发现 HCC272含有高比例的 CSC 样细胞（比如_CD133_ 、CD44、EPCAM、ANPEP 、SOX9、OCT4_等），在这些细胞中，CD44 +细胞的比例最高。CD44 +细胞簇与非_CD44 +细胞簇之间差异表达的基因揭示_CD44_ +可能参与了HCC272的耐药性；
3）为了更好地了解肿瘤异质性，对 7 个类器官进行差异表达，发现个体间存在异质性，此外，有 10 个基因在 7 个类器官中共表达 (CTNNB1, HNRNPH1, ATP1B1, PPP1CB, NEAT1, MALAT1, SAT1, GAPDH, ANXA2, BRI3)。_GAPDH_属于看家基因，最近的研究报道它可以通过调节糖酵解的途径促进肝脏肿瘤的发生,_NEAT1_是一种核 lncRNA，可引起肝细胞癌；
4）进一步分析发现富含_GAPDH 和_NEAT1_的簇分别通过激活 HIF-1 和 Jak-STAT 信号通路促进HCC272的耐药性；
5）使用 TCGA 数据集进一步证明共表达基因的临床相关性，发现同时高表达_GAPDH_和_NDRG1_的患者预后最差；
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34105295/
doi: 10.1002/advs.202003897
其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Polygenic prediction of atopic dermatitis improves with atopic training and filaggrin factors
杂志和影响因子： J Allergy Clin Immunol (IF: 10.228; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34111454/
文献题目： Sex-Dependent Shared and Nonshared Genetic Architecture Across Mood and Psychotic Disorders
杂志和影响因子： Biol Psychiatry (IF: 12.095; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34099189/
文献题目： Risk of Breast Cancer Among Carriers of Pathogenic Variants in Breast Cancer Predisposition Genes Varies by Polygenic Risk Score
杂志和影响因子： J Clin Oncol (IF: 32.956; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34101481/
文献题目： A machine learning method for the discovery of minimum marker gene combinations for cell-type identification from single-cell RNA sequencing
杂志和影响因子： Genome Res (IF: 11.093; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34088715/
文献题目： Epigenome-Wide Association Study Reveals Methylation Loci Associated With Offspring Gestational Diabetes Mellitus Exposure and Maternal Methylome
杂志和影响因子： Diabetes Care (IF: 16.019; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34116986/
本人（橙子牛奶糖，即陈文燕）必须在此说明，如果有任何重大的错误，无论是文字上或意义上的，完全都是我的责任。然而我也非常欢迎批评。── 摘自《正见》
另外，如果想致谢我，请使用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
