Linux多数发行版自带的sort程序，非常强大，在此只说多字段排序 sort 有个参数-k，可以指定字段，有比较复杂的语法，不在文本范围内。 一下为一段数据（从基因中得到，仅仅作为demo）,文件名为 data chr13 3008566 3008677 chr9 3024384 3024515 chr19 3157071 3157172 chr5 3236386 3236476 chr13 3041044 3041191 chr12 3045343 3045532 chr6 3087308 3087625 chr5 3109870 3110091 chr9 3115454 3115531 字段中间以空格分开 现在想首先按照染色体进行排序，然后相同的染色体上的基因按起始位点进行排序， 那么这就是一个多字段的排序，而且第二个字段为数字，使用sort命令如下 sort -t ' ' -k1,1 -k2n,2 data 其中 -t ' ' 指定使用空格分列 -k1,1 指定以第一列为关键字排序 -k2n,2 指定以第二列为关键字做数据排序
sort -k1,1 -k4n,2 sequence.gff3 > sequence2.gff3