Trimmomatic, spfilter, cutadapt

Trimmomatic主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头，并根据碱基质量值对 Fastq 进行修剪。软件有两种过滤模式，分别对应 SE 和 PE 测序数据，同时支持 gzip 和 bzip2 压缩文件。

参考来源：

https://www.jianshu.com/p/7a248999063f