有几种方式：
1 mysqldump, 这种方式不仅适用于InnoDB，还适用于其它类型的存储引擎，如MyISAM。备份的时候将数据库备份成SQL(包含drop，create，insert等语句)，恢复的时候直接导入即可。属于逻辑备份。
2 copy file, 我们知道InnoDB底层存储的时候会将数据和元信息存在下列文件中：
ibdata*, *.ibd, *.frm, *.ib_logfile*，所以备份这些文件即可备份InnoDB的数据，另外别忘了将MySQL的配置文件my.cnf也一并备份起来。如果my.cnf中开启了innodb_file_per_table那么InnoDB在存储的时候也会像MyISAM那样每一个表都会有相应的文件，你也可以只备份其中的某些文件(也就是表)。注意copy这些files的时候，最好能确保InnoDB的所有事务都commit了。比如你可以将MySQL暂时关闭掉，如果不能忍受一些down time的话，先不要考虑这种方式。另外还可以先获取Table的read lock, 比如Lock Tables Customers READ. 你可以用show innodb status看看还有没有活动的事务没有commit。属于物理备份。
下面讲一下这种备份方式怎么恢复：
a. 停止任何关于这个表的写，lock tables customers write;
b. 删除这个表的空间，alter table customers discard tablespace;
c. 将你备份的.ibd文件拷贝到相应的目录下。
d. 重新建立表空间，alter table customers import tablespace;
e. 释放写锁，unlock tables customers;
3 ibbackup, 这是一个商业化的工具，将你线上的my.cnf配置文件复制一份出来到比如说/etc/my.backup.cnf，更改里边的datadir等比如说到/data/backup，然后运行 ibbackup /etc/my.cnf /etc/my.backup.cnf, ibbackup就会讲my.cnf所指向的的数据内容备份到my.backup.cnf指向的数据目录。恢复的时候也很奇葩，因为你现在等于说是拥有了两个数据目录，所以你重新运行mysql，safe_mysqld --defaults-file=/etc/my.backup.cnf. 这种方式仅局限于你的数据库全部使用InnoDB存储引擎。
4 innobackup，如果你还有其它数据表用的是MyISAM，那么你可以使用innobackup，它不但会将InnoDB的相关文件备份起来，还会将MyISAM的比如MYI, MYD文件也备份起来。innobackup使用了ibbackup作为InnoDB的备份子工具。
5 利用MySQL Administrator
6 利用binary logs, 需要开启log-bin, 所有的更新操作都会被写到binary file里。恢复的时候mysqlbinlog binlog_file | mysql，这种方式基本上可以用在在线备份上。属于逻辑备份。
7 XtraBackup，对InnoDB做数据备份的开源工具，支持在线热备，备份时不影响数据读写。属于物理备份。项目地址https://github.com/percona/percona-xtrabackup，可以结合使用Innobackupex进行全备，xtrabackup进行增量备份。
个人觉得第一种，第二种和第六种和第七种都非常不错，各有自己的特点。第一种方式比较适合小型的数据库，由于是SQL，所以不仅可以跨存储引擎，还能跨不同的数据库，比如PostgreSQL。数据量稍大一些就可以用第二种方式了,由于是文件传输，所以效率就是文件传输的效率了。第六种方式将数据库本身与备份方式利用binlog进行解耦，既不会对在线数据库造成太大的overhead，而且因为所有的更新操作都在binlog里了，所以可以利用此数据做很多的事情。第七种方式比较特殊，结合了第三种和第四种，所以功能上比较强大，商业上可以选用。