InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的两个表类型，基本的差别为：MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。但MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快。另外，MyISAM类型的二进制数据文件可以在不同操作系统中迁移。也就是可以直接从Windows系统拷贝到linux系统中使用。可以根据数据表不同的用处是用不同的存储类型。
InnoDB 是 MySQL 上第一个提供外键约束的引擎，除了提供事务处理外，InnoDB 还支持行锁，提供和 Oracle 一样的一致性的不加锁读取，能增加并发读的用户数量并提高性能，不会增加锁的数量。
InnoDB 的设计目标是处理大容量数据时最大化性能，它的 CPU 利用率是其他所有基于磁盘的关系数据库引擎中最有效率的。
InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 有它自己的缓冲池，能缓冲数据和索引，InnoDB 还把数据和索引存放在表空间里面，可能包含好几个文件，这和 MyISAM 表完全不同，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中，InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB。
InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like "%aaa%"。
MYSQL建表时，如果不指定数据库表的类型，会默认为MyISAM型数据库，在建表语句中如果指定ENGINE=InnoDB则数据库引擎则会是InnoDB类型。
一般情况下，指定好数据库引擎后，只要操作正确，数据库引擎是不会变化的，但是如果出现以下操作不当的情况，数据库引擎就会发生变化：
1、强制kill数据库；
2、数据库的log和实际数据不一致；