http://blog.csdn.net/sdtsfhh/article/details/6726869
.Net Framework 1.1 是VS2003的，与2.0不太兼容，1.1开发的程序，在移植到2.0环境时，需要做的改动较大。
.net framework 2.0，3.0与3.5之间的关系：
.net framework 2.0 = CLR 2.0 + FCL(framework class library)
.net framework 3.0 = .net framework 2.0 + SP1 + WPF + WCF + WF + CardSpace
.net framework 3.5 = .net framework 3.0 + SP2 + new compiler
这三个版本framework的CLR都是2.0，因此，你会发现asp.NET的runtime还是只有1.1和2.0，像Linq这些新功能其实只是用新的编译器加上一些新的类库来实现的，3.5版本并没有对CLR做大的升级。
VS2008支持在2.0，3.0和3.5三种版本下开发项目，VS2005的项目可以平稳的升到VS2008上，在VS2008下做VS2005的项目，用的编译器和类库同VS2005都是一样的，但是提供了更好的开发环境。
3.5可以理解为2.0的插件或增强包，单独安装，在ASP.NEP环境中(IIS)，还是只能看到2.0，而看不到3.5。
另外，如果机器上安装了VS2010，它支持.NET Framework 4.0。那么框架4.0对应的CLR版本是4.0。
http://blog.csdn.net/gykimo/article/details/26971515
CLR可以理解为JVM；
.Net Framework可以理解为类库；
.Net和CLR的关系
.Net版本之间是有一定联系的，目前为止微软推出了3个版本的CLR，分别是 1.1， 2.0 ， 4.0 并且你要注意的是 .Net 4是基于CLR4的，而.Net 2.0 3.0 3.5都是基于 CLR2.0， 3.0 3.5其实只是在2.0的基础上增加了新的功能，并没有改变CLR。
所以，一旦有程序需要CLR2.0环境，你就需要安装 2.0 3.0 或者 3.5。 建议是安装3.5, 因为这样就已经包含了2.0 3.0 的所有内容；而4.0是需要独立安装的。
CLR2.0 和 CLR4.0安装顺序没有要求，所以你只需要一次性安装一个 .Net 3.5 SP1 和 .Net 4.0 就可以了：