生信软件使用

一、提取fasta序列

　已知参考基因组合一个bed文件区间，如何将该区间内的序列提取出来，以fasta格式保存，使用bedtools getfasta

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Usage:   bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf> -fo <fasta> 
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bedtools getfasta -fi Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa -bed exon.bed -fo exon.fa