# genefuse
# 手头有一批DNA数据，打算进行基因融合分析
# Google搜罗一番，发现都是基于转录组RNA数据的
# 好不容易找到一款基于DNA数据，genefuse！在GitHub，anaconda都有源代码包
# 软件原网址：
# https://github.com/OpenGene/genefuse
# genefuse直接基于fastq文件分析，所以你只要准备好fastq.gz文件就可以
# 安装
conda install -c bioconda genefuse
# 使用
genefuse --ref /biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa
# 参考基因组，这里使用hg19也就是Grh37
--fusion /biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/genefuse/GeneFuse/genes/druggable.hg19.csv
# druggable.hg19.csv是软件自带的基于hg19基因组的全部可用药靶点的文件，
# 此外，还有cancer.hg19.csv，是整理了来自COSMIC数据库的全部已经实验验证的与癌症相关的基因融合，良心！
# druggable.hg19.csv比cancer.hg19.csv包含的基因数目小，所以跑起来更快，速度大概相差5倍
--read1 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R1_001.fastq.gz # 双端测序的序列1
--read2 NG19-GXH0818-FFPE_S3_R2_001.fastq.gz # 双端测序的序列2
--html ${sample_id}.html > ${sample_id}.html #输出结果，可以选择html,json两种格式
# 当然，也可以针对自己感兴趣的基因配置fusion file,使用软件自带的脚本：gen_fusion_file.jl
# 需要提供：自己感兴趣基因列表（使用空格或者换行符分隔，注意linux,windows换行符不一样）
julia scripts/gen_fusion_file.jl -r hg19 -g genes.txt -f fusion.csv
# 这个软件真是太好用了！