manta，基因的somaticSV体细胞变异之染色体结构变异

# manta
# 想要获得somatic的SV变异，所以使用了manta软件

 

# 安装：
# 千万不要去github下载源代码安装！！！本人安装了两整天没装好，简直怀疑人生，果断弃坑！！
# 划重点：使用conda安装！！！

conda create -n manta
conda activate manta
conda install -c bioconda manta

# 使用：

cd /biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta  # 进入数据分析目录
ln -s /home/yiln/miniconda3/envs/manta/bin/configManta.py  # 为了在分析目录调用软件自带的python分析脚本（不带完整路径名），创建软链接
vi yln_test.sh  # 创建分析脚本

# 脚本内容：

成对样品分析：（肿瘤+正常）

#!/bin/sh
data_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/numpy_test
manta_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta/manta-1.6.0.release_src/src/python
ref=/biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa
work_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta/yln-test

python2 configManta.py 
--normalBam ${data_dir}/NG19-GXH0818-gDNA.sorted.bam 
--tumorBam ${data_dir}/NG19-GXH0818-FFPE.sorted.bam 
--referenceFasta ${ref} 
--runDir ${work_dir}

python2 ${manta_dir}/runWorkflow.py

 肿瘤单样品分析：

#!/bin/sh
data_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/numpy_test
manta_dir=/biodata/pipeline/TUMOR/yln-test/manta/yln_test
ref=/biodata/pipeline/TUMOR/database/hg19/hg19.nonhap.fa

SAMPLE=("GXH0764" "GXH0854" "HD786")

for sample in ${SAMPLE[@]}
do
    mkdir ${manta_dir}/${sample}
    python2 configManta.py 
    --tumorBam ${data_dir}/${sample}.sorted.bam 
    --referenceFasta ${ref} 
    --runDir ${manta_dir}/${sample}
    python2 ${manta_dir}/${sample}/runWorkflow.py
done

结果说明详见官方文档，这里给出链接：

 https://github.com/Illumina/manta/blob/master/docs/userGuide/README.md

# 一句忠告：
# 真的不要在安装有anaconda的机器上下载源代码，妄想自己编译了。。。