常用Linux对脚本的基本操作——持续更新

# 管道命令
# 当在两个命令之间设置管道时，管道符|左边命令的输出就变成了右边命令的输入。
# 只要第一个命令向标准输出写入，而第二个命令是从标准输入读取，那么这两个命令就可以形成一个管道。
# 大部分的 Linux 命令都可以用来形成管道。
# 举例： 
java -jar $picard SamToFastq
    I=${sample}.umi.uBAM
    F=/dev/stout ##管道的最开始写stdout#
    INTERLEAVE=true
    |bwa mem -p -t $hg19 /dev/stdin ##管道2写stdin##
    |java -jar $picard MergeBamAlignment
    UNMAPPED=${sample}.umi.uBAM
    ALIGNED=/dev/stdin ##管道3写stdin##