SVTyper

SVTyper是lumpy推荐的处理结果vcf文件的软件，

它的工作原理的使用贝叶斯算法计算出基因型

软件运行环境：

python2.7

电脑安装了python3的同学，建议搭建一个python2虚拟环境

我这里使用miniconda创建：

conda create -n Python2.7 python=2.7

软件下载：

pip2 install git+https://github.com/hall-lab/svtyper.git

软件运行：

请注意该软件需要的是sort过，并且有index的bam文件，所以我们要把数据预先处理一下

samtools sort HD786.bam -o HD786.sorted.bam
samtools index HD786.sorted.bam

正式分析：

svtyper 
> -B  HD786.sorted.bam 
> -l  HD786.sorted.bam.json

svtyper 
> -i HD786_tumor.vcf 
> -B HD786.sorted.bam 
> -l HD786.sorted.bam.json > HD786.sorted.bam.gt.vcf