R Markdown 设置和使用

1 简介

R Markdown

R Markdown的基本语法与 Markdown 基本一致 [使用方法]，最核心的区别是：

写入代码区域的代码能在编译的时候同时生成相应的图、表和运算结果，省去了保存和插入的过程。
能保存为 HTML、 WORD和PDF等格式。 PDF需要LaTex的支持。

本文关于

在 Windows 10 系统下配置 R Studio 的 R Markown，导出PDF，Word和HTML。
安装Pandoc和Latex。
- Windows: MiKTeX (完整版)
- Mac OS X: TexLive 2013 (完整版)

2 安装

如果已经安装好了R Studio和R。下一步需要做的包括：

安装Pandoc和你的系统需要的LaTex。Pandoc还好，LaTex完整版下了好久。
更改Global Setting，告诉R Studio你用什么来编译R Markdown里面的代码。
下载一系列相关的包（当你新建Markdown文档和保存的时候R Studio会自动提醒你完成）。

具体过程都没写，很简单，过程请参考这里

其实MiKTeX装得很懵逼。
R给的地址是：http://miktex.org/2.9/setup
MiKTex给的地址是：https://miktex.org/download

我也不知道上面两个地址区别是什么，一开始就下了R给的地址里的Net installer。
运行了之后下了2个多G的东西，可是貌似还是没有真的安装，然后又运行了一次Net Installer，这次让我选了安装地址。
然后关了一次R Studio就找到LaTex了。

3 设置 YAML

完成对R Studio的全局配置后，对每个Rmd文件（R markdown）在最开头两条线之间进行设置才是更重要的。这个部分叫做 YAML：

---
title: "标题"
author: "作者"
output:
  word_document: default
  html_document: default
  pdf_document:
    includes:
      in_header: header.tex
    keep_tex: yes   
    latex_engine: xelatex

---

4 如何编辑 Rmd 文档

编辑的过程总结起来就是
1 我添加的是普通的文字。

那就按照Markdown写吧，你看到过的功能R都支持。

2 我添加的是代码。

那就放到代码区域里面去，和Markdown的代码标记不太一样，多了 {}。

```{r}
code
```

3 然后在 {} 里告诉 R Studio 你希望显示什么:

我只想显示代码 echo = FALSE, eval = FALSE
我只想显示结果 echo = FALSE, eval = TRUE
我想要代码+编译结果 echo = TRUE，eval = TRUE

4 如果是在行内中添加代码，没有{}

`r 2+ 2`

5 导出

从Rmd格式可以导出为三种格式，用Pandoc实现。

Word
HTML
PDF（额外需要LaTex支持，并且对中文的支持需要额外的设定）。

步骤

在YMAL里面设置 output: pdf_document，或者word_document, html_document。
设定好了之后三种导出的方法都一样，点击代码窗口上面的蓝色毛线团标记。

knit本身是编织，所以就是把代码织成文本吧。

关于PDF

首先为了支持中文，需要 Global Setting 里选 xelatex作为LaTex引擎，也可以在 YAML 加入说明。
然后对LaTex进行配置。在 YAML 里加入 header.tex:

outputs:  
  html_document: default
  word_document: default
  pdf_document:
    includes:
      in_header: header.tex
      keep_tex: yes
      latex_engine: xelatex

注意正确的缩进和冒号。
以上意思是，输出为html，word和pdf。html和word为默认设置。pdf设置包括，in_header，keep_tex和latex_engine。
如果一个设置还没到具体的内容，它紧接的是冒号，换行后需要多缩进两个空格再开始。
如果已经指向明确的内容，结束没有冒号，换行之后保存和上行一样的缩进。

header.tex需要和你的Rmd文档放到一个路径，其中内容是：

usepackage{xeCJK}
setCJKmainfont{Microsoft Yahei}  % Chinese font
setmainfont{Georgia} % English font
setromanfont{Georgia} % 
setmonofont{Courier New} % the font used for code
parindent 2em   % indentation

以上代码从别人那里copy来的时候，% 后面注释用的中文。可是在运行的时候R报错，原因应该和下面参考里说的一样，中文乱码。
存成UTF-8 就没问题了。可是我不会，还是删了中文来的快。

错误提示：pandoc document conversion failed with error 1

更详细说明参考这里

6 实时更新设置

编辑的同时看到结果，方法。

参考资料

官方说明R Markdown Cheatsheet。
另一个写的很好的配置说明。其中提醒需要安装或更新 devtools 包。

写在最后 R + R Studio + 我

我的正职应该是个搞生态学的（吧？）。计算机方面，初中的时候家里有了一个386，觉得这个东西虽然长得像电视，可是啥也干不了...还经常蓝屏。高中学的时候学了DOS，学会的是怎么用命令行新建文档，可是屏幕还是没有电视好看，不过可以玩游戏了，只是经常在大场面卡死，网络版玩儿了下也放弃了，太卡。后来到了大学，计算机技术终于正真开始侵入到我这种小渣渣的生活了。那时候有了淘宝，网银，我也和大家一起考了C语言，可是我貌似就记得有个 for。嗯，说这些想说明，编程这件事情上，我只是一个小小的学渣。可我是个搞科学的，貌似我应该特别会统计学，还特别熟计算。

直到有一天，我遇到了 R 这个坑了我也救了我的计算机语言。据估计只有1%的人使用R语言编程。这群人的背景有个共同点就是他们都是搞科学的。在这群搞科学的人手里发扬光大了之后，R语言能完成了事情可谓百（za）花（qi）齐（za）放（ba）。谁都能随便写写包，然后谁都能拿来用。对我来说，没有R就没有没有毕业，可是在接触了它6年之后，我才发现我从来没有把它当做一个计算机语言来用。我也没有想过每天都打开的R Studio到底是啥。对我来说，R只是一个能帮我做图，做方差分析，做PCA的工具。我需要的是找到什么人已经解决的途径，而不是怎么样自己创造一个途径。

最近自学了 Perl 和 Python 之后更强烈的觉得，当初 R 的打开方式虽然让我能迅速地解决科研中的应用问题，可是也完全没有机会看到它作为计算机语言的可能性。就这么用下去，我相当于永远等着别人来解决我现在的问题，没有办法解决自己的问题。语言存在的价值在于交流和创造，学人类语言的首要目的是交流，而学计算机语言的首要目的应该是创造（Development）。

来cnblog几天，发现R语言在这儿关注的人的确很少，不过前几天看到一个关于推广 Awesome R！的帖子，想必R也会成为大家的第三，第四个语言的选择吧。

之前，在两台电脑上设置好了Sublime+Markdown+Snippet，现在回到主要工作环境R Studio，使用它提供的 R Markdown。

----ฅ(*ΦωΦ)ฅ---- cognata ad sidera tendit...