正选择分析-PAML discussion group

1. branch-site模型的多个前景枝设定

有两种检测方式：

• 多次分别检测，每次检测一个前景枝，并且去除其他目标前景枝；
• 一次检测多个前景枝，将所有感兴趣的枝都标记为前景枝。这两种检测方式意味着不同的生物学假设，如果是对某一个基因做正选择分析，那么第一种是假设这个基因在目标枝都受到正选择，但受选择的位点不一定是同一个；而第二种检测方式则是假设目标枝在同一个位点受到了正选择。

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2. 祖先节点vs整个clade的所有叶节点标记为前景枝

• 前景枝只标在祖先节点：(((rabbit, rat) #1, human), goat_cow, marsupial);
  这表示适应性进化发生在祖先，之后该基因/位点受到纯化选择，从而在该祖先节点下的所有物种都是保守的；
• 前景枝标在一个clade下的所有叶节点：(((rabbit #1, rat #1), human), goat_cow, marsupial);
  前提假说将是该基因在所有分支上处于相同的选择压力下，并且一直处于不断变化或多样化的压力之下，参与防御或免疫相关的基因可能是这种情况。

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3. 是否要做FDR校正

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4. 树对正选择的影响

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