Nilearn教程系列(4)-脑部地图集绘制

目录

• 脑部地图集绘制
  • 第一步：下载数据集
  • 第二步：可视化Harvard-Oxford 脑部地图集
  • 玻璃脑图(Glass brain)绘制

本分享为脑机学习者Rose整理发表于公众号：脑机接口社区(微信号：Brain_Computer).QQ交流群：903290195

脑部地图集绘制

数据集来源：Harvard-Oxford 脑部地图集

第一步：下载数据集

数据集文件格式为:

HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii.gz

from nilearn import datasets
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")
"""
构建数据集
如果本地有该数据，则直接使用，
否则，从网络中下载数据
"""
dataset = datasets.fetch_atlas_harvard_oxford('cort-maxprob-thr25-2mm')
atlas_filename = dataset.maps

print('Atlas ROIs are located at: %s' % atlas_filename)

第二步：可视化Harvard-Oxford 脑部地图集

from nilearn import plotting

plotting.plot_roi(atlas_filename, title="Harvard Oxford atlas")
plotting.show()

玻璃脑图(Glass brain)绘制

"""
构建数据

如果本地有该数据，则直接使用，
否则，从网络中下载数据
"""
from nilearn import datasets
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")
motor_images = datasets.fetch_neurovault_motor_task()
stat_img = motor_images.images[0]

玻璃脑图(Glass brain)绘制:全脑失状切面

from nilearn import plotting
"""
全脑失状切面
"""
plotting.plot_glass_brain(stat_img, threshold=3)

玻璃脑图(Glass brain)绘制:黑色背景

"""
黑色背景设置：black_gb=True
显示模式：仅显示x和z视图 display_mode='xz'
"""
plotting.plot_glass_brain(
    stat_img, title='plot_glass_brain',
    black_bg=True, display_mode='xz', threshold=3)

玻璃脑图(Glass brain)绘制:半球矢状切面

plotting.plot_glass_brain(stat_img,
                          title='plot_glass_brain with display_mode="lyrz"',
                          display_mode='lyrz', threshold=3)

plotting.show()

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