注册会计师需恰当地计划内部控制审计工作，配备具有专业胜任能力的项目组，并对助理人员进行适当的督导。
注册会计师按照自上而下的方法实施审计工作，将企业层面控制和业务层面控制的测试结合进行。
注册会计师对内部控制缺陷的分类和认定标准与企业内部控制自我评价中内部控制缺陷的分类和认定标准类似，相对而言，注册会计师更关注财务报告内部控制缺陷的认定。注册会计师在对内部控制设计与运行的有效性进行测试的基础上，需评价其识别的各项内部控制缺陷的严重程度，以确定这些缺陷单独或组合起来，是否构成重大缺陷并影响其审计结论。
取得书面声明。注册会计师完成审计工作后，需取得经企业签署的书面声明。
沟通控制缺陷。注册会计师应与企业沟通审计过程中识别的所有控制缺陷，重大缺陷和重要缺陷须以书面形式与董事会和经理层沟通。
形成审计意见。注册会计师对获取的证据进行评价，形成对内部控制有效性的意见，出具审计报告。