首先，这是个历史遗留问题，说起来比较复杂。其次，这个问题在微软的MSDN博客上已经专门被说起过了，英文好的请直接移步到原文：《VC++ Directories》。另外，stack overflow上面也有人问到过，但是首选回答的人回答是错的，因为他没看 《VC++ Directories》，主要看后面的这段：
VC++ Directories: Include Directories
- this value is inherited from the
INCLUDEWindows environment variable which is defined outside of Visual Studio
- environment variables can be: global to the computer or have user level scope
- The
INCLUDEandLIBenvironment variables are created when the Microsoft Windows SDK is installed with Visual Studio.C/C++: Additional Include Directories
- is a project level setting... you will have to define this value for every project in your solution
- this value can be persisted to source control
好了，如果你英文不好，那么还是听我的这个二手货吧。
VC++ Directories本来是对应于SDK的，他的变量是一个Windows环境变量，就和你在操作系统的控制面板里面添加的环境变量是一样的，比如这也有PATH，这个PATH和你在控制面板里面的PATH是一样的。但是，毕竟这个是用于搞开发的一些环境变量，所以呢，就把它搞到继承开发环境里面来设置了，这样你就可以不用在操作系统的控制面板里设置他们，而且这些环境只在VS中有效。
而C/C++中的设置呢，它不是设置环境变量，它是设置命令行参数的，所以你可以很清晰的看到，它还有一个Command Line设置项，这个项分两块，上面是根据你前面填写项的指生成的，比如你的Additional Include Directories设置，就会对应到 /I [path]上面来，下面有个叫Adittion Option的框框，是供你填一些上面没有的或者其他需要补充的命令行参数的。既然是命令行参数，那肯定是针对当前这个工程的了。
本来一切已经很明确了：“VC++目录”影响全局，只要是电脑上的这个VS创建的工程，都会被这个设置影像到； 而C/C++只影响到单个的工程，一个工程一个C/C++。
但是怪就怪在，微软觉得这种全局的方式太粗暴了，所以在VS2010之后，“VC++目录”变得也只影响单个工程了，而且还只能在工程上右键“属性”才能大概，以表示它是属于这个工程的。在VS2008中，这个设置还可以从Tools菜单中打开。所以，在VS2010之后，这二者就变成没区别了。
但是真的没区别了吗？呵呵，区别大了（奔溃。。。）
前面已经说过了，VC++ Directories是一个Windows环境变量，C/C++是命令行参数，这是本质区别；但是相同的项，也就是VC++ Directories中的include directories 对应到C/C++中的addition include directories 是一样的效果，也就是说效果一样。同样是命令行参数的还有Link设置，Link设置中的 addition library directories对应到VC++ Directories 中的library directories，也就是说，效果是相同的。
总之，很坑爹。。。