J2EE架构包含以下层：
用户层——用来与用户交互，并把来自系统的信息显示给用户。J2EE平台支持不同类型的用户，包括HTML用户、Java applets和Java应用等。
Web层——Web层产生表示逻辑，并接受来自表示客户端的用户反馈，这些表示客户端通常为HTML客户端、Java Applets和其他的Web客户端。在所接受的客户端请求的基础上，表示层对用户的请求产生相应的回应。J2EE平台中，是由Web容器内的servlet和JSP来实现这一层的。
业务层——这一层处理应用的核心业务逻辑。业务层为低层业务服务组件提供必要的接口。业务组件通常被实现为EJB容器内的EJB组件。其中，EJB容器提供组件生命周期，管理持久性，事务和资源分配等。
EJS层——这一层为企业的信息系统服务，包括数据库系统、事务处理系统、遗产系统和企业资源计划系统等。EJS层是J2EE应用与非J2EE应用或遗产系统集成的连接点。