1.染色质开放性测试技术
https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355
首先正常的DNA都是卷起来的，只有在表达时才会展开，也就是开放，术语上说就是具有可接近性，那么ATAC-seq就是测这些染色质开放性的技术。
原理：
人为地将这些DNA序列标签的转座复合物加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行PCR后测序，就知道哪些区域是开放染色质了。
因为插入的这些转座复合物是有颜色的，红蓝颜色，结合后就可以测序测出来的。
“开放染色质具有转座酶敏感性，转座酶能够随机插入到不受保护的DNA序列上（类似DNase），但转座酶不像限制性内切酶那样能够切割DNA。”
从上面这句话可以看出，ATAC测的就是不受保护的DNA片段，但是这个DNA片段如何与基因对应是未知的。
2.问题
1.染色质和基因的大小关系：
染色质包含DNA，有效的DNA片段是基因。
http://www.ynzhongdun.com/blog/dna-279ed9bd-49fa-4b98-ac71-581a3d763850
2.motifs是什么：
https://wenlongshen.github.io/2017/01/22/DNA-Motif/
从这篇文章的理解，motifs就是转录因子的结合位点，它标示着结合的位置。
motifs是一个重复的pattern，序列基序，结构基序或网络基序。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/93147239
从这篇文章中：
motifs的位置是和转录相关的。
3.call peak
https://www.jianshu.com/p/b272c846ef28 从这里大约可以看出peak就相当于counts吧，也是一个量化的值，
call peak我个人就理解为像找到scRNA-seq的counts矩阵这样。
4.scATAC-seq和scRNA -seq如何产生对应关系
从上面的链接中：
转到问题6.
再转到5.
5.基因活跃矩阵是什么？
http://xuzhougeng.top/archives/Analysis-scATAC-seq-with-scRNA-seq-in-Seurat
：
即两者产生关系就是通过将ATAC转换为基因表达活跃度矩阵来实现的。
6.什么是转录因子（Transcription factor，TF)？
https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9813731.html
转录因子是一种蛋白质，它含有一个或多个DNA结合位点，可以和DNA结合，之后DNA才可进行转录工作，控制着基因的表达。
7.batcode与cell
https://zhuanlan.zhihu.com/p/98877540
从这篇文章中可以看出，barcode代表着cell，但可能代表不止一个cell。