epub3文件就是一个符合epub3标准，以epub为扩展名的zip压缩文件。epub3标准则是基于html5、css3、svg等web标准以及mathML等来展示内容。下图就是一个简单epub3文件的大致结构。
epub3规范使用OCF(open container format)标准规定的文件结构，根目录当中必须有一个mimetype文件和一个META-INF文件夹。其中，mimetype文件中只有一个行内容application/epub+zip，而META-INF中存放的则是表述整个文档的元数据。在META-INF文件夹内必须有一个container.xml文件（除该文件以后，标准还定义了一些可选文件，用于处理加密、混淆字体等问题）用来描述文档内容。container.xml的内容比较简单，下面是一个container.xml文件的例子：
<?xml version="1.0"?>
<container version="1.0" xmlns="urn:oasis:names:tc:opendocument:xmlns:container">
<rootfiles>
<rootfile full-path="OEBPS/package.opf"
media-type="application/oebps-package+xml" />
</rootfiles>
</container>
在epub3标准当中，rootfile的full-path所指定的opf文件，是一个xml文件，用于描述文档内容（默认的阅读顺序，出版物信息，作者、标题等，资源文件信息等）。这里已经涉及到了两处用来描述文档内容的文件，需要明确的是META-INF/container.xml文件使是用来描述一个符合open container format规范的文件的具体内容的，任何采用该规范的文件都必须包含这个xml文件，而一个符合epub3标注的文件除了该文件以外还需要一个opf文件来描述关于epub3文档的具体内容。下面是一个opf文件的例子：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<package xmlns="http://www.idpf.org/2007/opf" version="3.0" unique-identifier="id">
<metadata xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/">
...
</metadata>
<manifest>
<item href="css/epub.css" id="css01" media-type="text/css"/>
...
</manifest>
<spine toc="ncx">
...
</spine>
</package>
其中的metadata标签用来描述一些文档的基本信息，如作者、标题等。manifest节点则用来陈列文档的相关的资源，spine的节点用来设置默认的阅读顺序。
以上描述的就是一个epub3文件的大致结构，一个真正的epub3文件要比以上所描述的内容复杂的多。