矩阵补全（Matrix Completion），就是补上一个含缺失值矩阵的缺失部分。
矩阵补全可以通过矩阵分解（matrix factorization）将一个含缺失值的矩阵 X 分解为两个（或多个）矩阵，然后这些分解后的矩阵相乘就可以得到原矩阵的近似 X'，我们用这个近似矩阵 X' 的值来填补原矩阵 X 的缺失部分。
矩阵补全有很多方面的应用，如推荐系统、缺失值预处理。
除了 EM 算法、树模型，机器学习中的大多数算法都需要输入的数据是不含缺失值的。在 deep learning 模型中，通过梯度的计算公式就可以发现，如果 feature 中含有缺失值，那么梯度也会含缺失值，梯度也就未知了。对缺失值的处理是在模型训练开始前就应该完成的，故也称为预处理。
数据缺失在实际场景中不可避免，对于一个包含 (n) 个 samples，每个 sample 有 (m) 个 features 的数据集 (D)，我们可以将该数据集 (D) 整理为一个 (n×m) 的矩阵 (X)。
通过矩阵分解补全矩阵是一种处理缺失值的方式，但在介绍之前，先介绍一些简单常用的缺失值预处理方式。
1 常用的缺失值预处理方式
1.1 不处理
不进行缺失值预处理，缺了就缺了，找一个对缺失值不敏感的算法（如“树模型”），直接训练。
1.2 剔除
对于矩阵 (X) 中缺失值很多的行或列，直接剔除。
缺失值较多的行，即一个 sample 的很多 features 都缺失了；缺失值较多的列，即大部分 samples 都没有该 feature。剔除这些 samples 或 features，而不是填充它们，避免引入过多的噪声。
当数据超级多时，我们甚至可以对含有缺失值的样本直接剔除，当剔除的比例不大时，这也完全可以接受。
1.3 填充
1.3.1 简单填充
在矩阵 (X) 的每个缺失位置上填上一个数，来代替缺失值。填一个数也不能乱来，如果 feature 代表年龄，那么肯定要填正数；如果 feature 代表性别，那么填 0 或 1 更合适（0 代表男，1 代表女）。
一般有以下几种简单的填充值：（均值和众数都是在一个 feature 下计算，即在矩阵 (X) 的每一列中计算均值和众数）
- 填 0
- 填 均值
- 填 众数
- 填 中位数
1.3.2 建模填充
这种方式通过观察缺失的 feature 和其它已有的 features 之间的联系，建立一个统计模型或者回归模型，然后然后预测缺失 feature 的值应该是什么。
用 EM 算法估计缺失值也可以归为这一类。
当然，常用的缺失值处理方式还有许多，这里就不再列举了。可以看看博客 SAM'S NOTE。
2 利用矩阵分解补全缺失值
如果矩阵 (X) 不含缺失值，那么矩阵分解可以将矩阵 (X) 分解成两个矩阵 (U) (大小 (m×k))、(V) (大小 (m×k))，其中 (k < min{m, n})，则：
因为 (k < min{m, n})，所以 (rank(U) le k)、(rank(V) le k)，该矩阵分解又叫做低秩矩阵分解（low-rank matrix factorization）。
那么为什么 (k < min{m, n})？
- 在 samples 和 features 之间存在 k 个关系，每个关系的具体含义不得而知，但如果 (k ge min{m, n})，那么意味着每个 sample 和 feature 之间可以构建一个的关系，而其它的 samples 或者 features 可以和该关系基本无关，体现在矩阵 (U)（或 (V)）中就是某一列仅有一个元素不为0，这是不合理的。（参考矩阵分解用在推荐系统方面的解释）
- 当 k 越大，计算量也会越大。
如果矩阵 (X) 是完整的，那么矩阵分解 (X = UV^{ op}) 完全没问题，但现在 (X) 中含了缺失值，故没有办法用线性代数的知识直接进行矩阵分解，我们需要一种近似的解法——梯度下降法。
这个时候我们令 (X approx hat X = UV^{ op})，(|X - hat X|_{mathrm{F}}^2) 表示含缺失值的原矩阵 (X) 和 还原后的近似矩阵 (hat X) 之间误差的平方（Square error），或者称之为 reconstruction error，当然 (|X - hat X|_{mathrm{F}}^2) 的计算只能在不含缺失值的项上。（(|cdot|_{mathrm{F}}) 表示 Frobenius norm。）
文献中一般会将 reconstruction error (|X - hat X|_{mathrm{F}}^2) 记为 (left|mathcal{R}_{Omega}(X - hat{X}) ight|_{mathrm{F}}^{2})，其中 (left[mathcal{R}_{Omega}(X - hat X) ight]_{ij}=left{egin{array}{ll}{x_{ij} - hat{x}_{ij}} & { ext { if }(i, j) in Omega} \ {0} & { ext { otherwise }}end{array} ight.)，(Omega) 表示非缺失值矩阵元素下标的集合。这里为了简便，直接使用 (|X - hat X|_{mathrm{F}}^2)，知道只在不含缺失值的项上计算平方和即可。
我们的目标的是找到矩阵 (X) 的近似矩阵 (hat X)，通过 (hat X) 中对应的值来填充 (X) 中缺失的部分。而想要找到 (hat X)，就是要找到矩阵 (U) 和 (V)。当然 (hat X) 要尽可能像 (X)，体现在函数上就是 (min |X - hat X|_{mathrm{F}}^2)。
NOTE：以下矩阵的范数都默认为 Frobenius norm。
Loss function (J) 为:
其中，(i,j) 分别表示矩阵 (X) 的行和列，要求 (x_{ij} ot = nan)，否则没有办法求最小值了。上式中，未知的就是 (u_{il}, v_{jl})，也是我们想要求的。
随机初始化矩阵 (U, V)，loss function (J) 就可以得到一个误差，基于该误差计算梯度，而想要更新 (U, V)，只需要按照梯度下降的公式来即可。
令:
则梯度为：
梯度下降更新公式：
算法到这里其实就可以用了，但为了更加完美，可以考虑以下步骤，加入正则项和偏置。
加入正则项
加入正则项，保证矩阵 $U,V$ 中元素不要太大，此时 loss function $J$ 如下所示： $$ egin{split} J &= |X - hat X|^2 + frac{eta}{2}(|U|^2 + |V|^2) \ &=sum_{i, j, x_{ij} ot = nan} (x_{ij} - sum_{l = 1}^k u_{il}v_{jl})^2 + frac{eta}{2}(sum_{i,l} u_{il}^2 + sum_{j, l} v_{jl}^2) end{split} $$则梯度为：
此时梯度下降更新公式为：
加入偏置
偏置可以理解为每个样本都有其特性，每个feature也有其特点，故可以加入 bias 来控制。bias 分为三种，第一种是矩阵 $X$ 整体的的 bias，记为 $b$，那么 $b = mean(X)$，即可以用矩阵 $X$ 中存在元素的均值来赋值；第二种是 sample 的 bias，记为 $b\_u_{i}$；第三种是 feature 的 bias，记为 $b\_v_j$。 则： $$ hat x_{ij} = sum_{l = 1}^{k} u_{il}v_{jl} + (b + b\_u_i + b\_v_j) $$其中，(b = frac{sum_{i, j, x_{ij}
ot = nan} x_{ij}}{N})，(N) 表示分子求和元素的个数。
则 loss function (J) 为：
再加入 bias 后，令
则梯度为：
此时梯度下降更新公式为：
3 矩阵分解补全缺失值代码实现
import numpy as np
class MF():
def __init__(self, X, k, alpha, beta, iterations):
"""
Perform matrix factorization to predict np.nan entries in a matrix.
Arguments
- X (ndarray) : sample-feature matrix
- k (int) : number of latent dimensions
- alpha (float) : learning rate
- beta (float) : regularization parameter
"""
self.X = X
self.num_samples, self.num_features = X.shape
self.k = k
self.alpha = alpha
self.beta = beta
self.iterations = iterations
# True if not nan
self.not_nan_index = (np.isnan(self.X) == False)
def train(self):
# Initialize factorization matrix U and V
self.U = np.random.normal(scale=1./self.k, size=(self.num_samples, self.k))
self.V = np.random.normal(scale=1./self.k, size=(self.num_features, self.k))
# Initialize the biases
self.b_u = np.zeros(self.num_samples)
self.b_v = np.zeros(self.num_features)
self.b = np.mean(self.X[np.where(self.not_nan_index)])
# Create a list of training samples
self.samples = [
(i, j, self.X[i, j])
for i in range(self.num_samples)
for j in range(self.num_features)
if not np.isnan(self.X[i, j])
]
# Perform stochastic gradient descent for number of iterations
training_process = []
for i in range(self.iterations):
np.random.shuffle(self.samples)
self.sgd()
# total square error
se = self.square_error()
training_process.append((i, se))
if (i+1) % 10 == 0:
print("Iteration: %d ; error = %.4f" % (i+1, se))
return training_process
def square_error(self):
"""
A function to compute the total square error
"""
predicted = self.full_matrix()
error = 0
for i in range(self.num_samples):
for j in range(self.num_features):
if self.not_nan_index[i, j]:
error += pow(self.X[i, j] - predicted[i, j], 2)
return error
def sgd(self):
"""
Perform stochastic graident descent
"""
for i, j, x in self.samples:
# Computer prediction and error
prediction = self.get_x(i, j)
e = (x - prediction)
# Update biases
self.b_u[i] += self.alpha * (2 * e - self.beta * self.b_u[i])
self.b_v[j] += self.alpha * (2 * e - self.beta * self.b_v[j])
# Update factorization matrix U and V
"""
If RuntimeWarning: overflow encountered in multiply,
then turn down the learning rate alpha.
"""
self.U[i, :] += self.alpha * (2 * e * self.V[j, :] - self.beta * self.U[i,:])
self.V[j, :] += self.alpha * (2 * e * self.U[i, :] - self.beta * self.V[j,:])
def get_x(self, i, j):
"""
Get the predicted x of sample i and feature j
"""
prediction = self.b + self.b_u[i] + self.b_v[j] + self.U[i, :].dot(self.V[j, :].T)
return prediction
def full_matrix(self):
"""
Computer the full matrix using the resultant biases, U and V
"""
return self.b + self.b_u[:, np.newaxis] + self.b_v[np.newaxis, :] + self.U.dot(self.V.T)
def replace_nan(self, X_hat):
"""
Replace np.nan of X with the corresponding value of X_hat
"""
X = np.copy(self.X)
for i in range(self.num_samples):
for j in range(self.num_features):
if np.isnan(X[i, j]):
X[i, j] = X_hat[i, j]
return X
if __name__ == '__main__':
X = np.array([
[5, 3, 0, 1],
[4, 0, 0, 1],
[1, 1, 0, 5],
[1, 0, 0, 4],
[0, 1, 5, 4],
], dtype=np.float)
# replace 0 with np.nan
X[X == 0] = np.nan
print(X)
# np.random.seed(1)
mf = MF(X, k=2, alpha=0.1, beta=0.1, iterations=100)
mf.train()
X_hat = mf.full_matrix()
X_comp = mf.replace_nan(X_hat)
print(X_hat)
print(X_comp)
print(X)
4 通过矩阵分解补全矩阵的一些小问题
4.1 需不需要对 bias 进行正则化？
按照一般 deep learning 模型，是不对 bias 进行正则化的，而本文的代码对 bias 进行了正则化，具体有没有影响不得而知。
4.2 如果出现 "RuntimeWarning: overflow encountered in multiply" 等 Warning 造成最后的结果为 nan，怎么办？
可以尝试调低 learning rate (alpha)。
References
决策树（decision tree）（四）——缺失值处理
【2.5】缺失值的处理 - SAM'S NOTE
Matrix Factorization: A Simple Tutorial and Implementation in Python